El equipo de fútbol americano Boston College Eagles de 1999 representó a Boston College durante la temporada de fútbol americano de la División IA de la NCAA de 1999. Boston College fue miembro de la Conferencia Big East . Los Eagles jugaron sus partidos de local en 1999 en el Alumni Stadium en Chestnut Hill, Massachusetts , que ha sido su estadio local desde 1957.
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Los siguientes jugadores fueron seleccionados en el draft de la NFL del año 2000 .