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Base de datos de toxicogenómica comparativa

La base de datos de toxicogenómica comparativa ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación que se lanzó en noviembre de 2004 y que conserva datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas/fármacos, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción. La base de datos está a cargo del Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .

Fondo

La Base de Datos de Toxicogenómica Comparativa (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que conserva datos científicos que describen relaciones entre sustancias químicas, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción, lanzada el 12 de noviembre de 2004. [1] [2] [3] [4] La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte. [ cita requerida ]

Metas y objetivos

Uno de los principales objetivos del CTD es avanzar en la comprensión de los efectos de las sustancias químicas ambientales sobre la salud humana a nivel genético, un campo llamado toxicogenómica .

La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan procesos fisiológicos importantes. Los productos químicos son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden bien. La CTD puede ayudar a resolver estos mecanismos. La lista extensa más actualizada de artículos científicos revisados ​​por pares sobre la CTD está disponible en su página de publicaciones [5].

Datos básicos

CTD es un recurso único donde los biocuradores [6] [7] leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos fundamentales:

Integración de datos

Al integrar los cuatro conjuntos de datos anteriores, CTD construye automáticamente posibles redes de genes-químicos-fenotipos-enfermedades para iluminar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.

Estas relaciones inferidas se califican y clasifican estadísticamente y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y cómo se relacionan con la salud humana.

Los usuarios pueden buscar en CTD para explorar datos científicos sobre sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, [ ¿ cuándo? ] CTD integra datos toxicogenómicos de vertebrados e invertebrados.

CTD integra datos o hipervínculos a estas bases de datos:

Referencias

  1. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (septiembre de 2006). "Base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD): un recurso para estudios toxicológicos comparativos". Revista de zoología experimental, parte A: biología experimental comparativa . 305 (9): 689–92. doi :10.1002/jez.a.307. PMC  1586110. PMID  16902965 .
  2. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (agosto de 2006). "Base de datos toxicogenómica comparativa (CTD): un recurso entre especies para construir redes de interacción química-genética". Toxicol. Sci . 92 (2): 587–95. doi :10.1093/toxsci/kfl008. PMC 1586111. PMID  16675512 . 
  3. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoción de estudios moleculares comparativos en la investigación de la salud ambiental: una descripción general de la base de datos toxicogenómica comparativa (CTD)". Pharmacogenomics J . 4 (1): 5–8. doi : 10.1038/sj.tpj.6500225 . PMID  14735110.
  4. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (mayo de 2003). "Base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD)". Environ. Health Perspect . 111 (6): 793–5. doi :10.1289/ehp.6028. PMC 1241500 . PMID  12760826. Archivado desde el original el 6 de junio de 2010. 
  5. ^ Página de publicaciones de CTD ctdbase.org
  6. ^ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: contribuyentes al mundo de la ciencia". PLOS Comput. Biol . 2 (10): e142. Bibcode :2006PLSCB...2..142B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157. PMID  17411327 . 
  7. ^ Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El biocurador: conectando y mejorando los datos científicos". PLOS Comput. Biol . 2 (10): e125. Bibcode :2006PLSCB...2..125S. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147. PMID  17069454 . 
  8. ^ ChemIDplus US National Library of Medicine, sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
  9. ^ diXa Data Warehouse nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
  10. ^ Hendrickx, DM; Aerts, HJWL; Caimento, F.; Clark, D.; Ebbels, TMD; Evelo, CT; Gmünder, H.; Hebels, DGAJ; Herwig, R.; Hescheler, J.; Jennen, DGJ; Jetten, MJA; Kanterakis, S.; Keun, HC; Matser, V.; Overington, JP; Pilicheva, E.; Sarkans, U.; Segura-Lepe, diputado; Sotiriadou, I.; Wittenberger, T.; Wittwehr, C.; Zanzi, A.; Kleinjans, JCS (12 de diciembre de 2014). "diXa: una infraestructura de datos para la evaluación de la seguridad química". Bioinformática . 31 (9): 1505-1507. doi : 10.1093/bioinformática/btu827. Número de modelo : PMID 25505093  . 
  11. ^ Train online, Datos de enfermedades, Laboratorio Europeo de Biología Molecular, nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
  12. ^ Taxonomía del NCBI

Enlaces externos