Taiwán ha estado bajo el control de varios gobiernos y se le han asociado varias banderas a lo largo de su historia. Desde 1945, la República de China gobierna la isla y se convirtió en la principal base territorial de la República de China desde 1949, por lo que la bandera que más se asocia con ella es la bandera de la República de China .
La primera bandera nacional de Taiwán se utilizó por primera vez en 1663 durante el Reino de Tungning , que tenía una bandera blanca lisa con el carácter 「鄭」 ( zhèng ) en el círculo bordeado de rojo. La bandera de la dinastía Qing también se utilizó desde 1862 hasta 1895, cuando se declaró la República de Formosa . La bandera de Formosa tenía un tigre en un campo azul liso con nubes azules debajo.
Durante el dominio japonés de Taiwán, la bandera de Japón ondeó en la isla desde 1895 hasta 1945.
Tras la transferencia de Taiwán de Japón a China en 1945, la bandera nacional quedó especificada en el Artículo Seis de la Constitución de la República de China de 1947. Después de la Guerra Civil China en 1949, el gobierno de Chiang Kai-shek trasladó la República de China (ROC) a la isla de Taiwán.
A continuación se muestran las banderas utilizadas en las divisiones políticas de Taiwán .