El Banco de Datos de Resonancia Magnética Biológica ( BioMagResBank o BMRB ) es un repositorio de acceso abierto de datos espectroscópicos de resonancia magnética nuclear (RMN) de péptidos , proteínas , ácidos nucleicos y otras moléculas biológicamente relevantes. [1] La base de datos es operada por la Universidad de Wisconsin-Madison y cuenta con el apoyo de la Biblioteca Nacional de Medicina . El BMRB es parte del Laboratorio de Investigación para Bioinformática Estructural [2] y, desde 2006, es socio del Banco Mundial de Datos de Proteínas (wwPDB). [3] El repositorio acepta datos espectrales de RMN de laboratorios de todo el mundo y, una vez que los datos se validan, están disponibles en línea en el sitio web del BMRB. La base de datos también tiene un sitio ftp, donde los datos se pueden descargar en masa. [1] El BMRB tiene dos sitios espejo, uno en la Base de Datos de Proteínas de Japón (PDBj) en la Universidad de Osaka y otro en el Centro de Investigación de Resonancia Magnética (CERM) en la Universidad de Florencia en Italia. El sitio en Japón acepta y procesa depósitos de datos. [4]
La mayor parte de los datos depositados en el BMRB consiste en más de 11.900 entradas que contienen desplazamientos químicos asignados a 1 H, 13 C, 15 N y 31 P y constantes de acoplamiento de péptidos, proteínas y ácidos nucleicos. [5] También están disponibles otros datos derivados como acoplamientos dipolares residuales (RDC), parámetros de relajación , valores NOE , parámetros de orden y tasas de intercambio de hidrógeno . La base de datos también contiene una cantidad menor de datos de RMN de carbohidratos, cofactores y ligandos. [1] Estos datos se referencian de forma cruzada con estructuras 3D en el PDB cuando están disponibles. Los datos de RMN se proporcionan en el formato de archivo NMR-STAR y hay varias herramientas de conversión de formato disponibles en el sitio para convertir archivos de NMR-STAR a otros formatos. [1]
La cuadrícula de restricciones de RMN contiene datos de restricciones de RMN de más de 2500 proteínas y ácidos nucleicos recopilados a partir de depósitos de PDB. La cuadrícula está construida como cuatro subconjuntos de datos: [6]
El BMRB ha archivado conjuntos de datos brutos del dominio temporal recopilados a partir de experimentos de RMN realizados para calcular restricciones y desplazamientos químicos en péptidos, proteínas y ácidos nucleicos. Esta colección contiene más de 200 entradas y, en muchos casos, también están disponibles las secuencias de pulsos y los parámetros de adquisición utilizados. [1]
El BMRB alberga una base de datos que contiene datos espectrales de RMN de cientos de compuestos metabolómicos . [1] Para la mayoría de los compuestos, están disponibles 1 H NMR, 13 C NMR, 13 C 90 o DEPT , 13 C 135 o DEPT, 1 H- 1 H TOCSY y 1 H- 13 C HSQC .
El BMRB proporciona una colección de datos estadísticos de RMN, incluidas las distribuciones de desplazamiento químico de átomos individuales en aminoácidos , ribonucleótidos y desoxirribonucleótidos . Los datos se presentan como histogramas interactivos y gráficos de densidad. [7]
La interfaz de cuadrícula de consulta BMRB, [8] permite buscar en la base de datos por tipo de molécula (péptido, proteína, ADN , ARN , etc.), por tipo de datos ( desplazamiento químico de 1 H, desplazamiento químico de 13 C, constante de acoplamiento, etc.), por número de identificación de PDB y por número de acceso de BMRB.
El sitio BMRB también contiene una página de búsqueda FASTA donde se pueden buscar en la base de datos secuencias de nucleótidos o péptidos coincidentes. [9]
Desde la página de búsqueda en el archivo, es posible realizar búsquedas por número de acceso, autor, título, nombre de la molécula y por número de identificación de otras bases de datos comunes. Una opción de búsqueda avanzada permite realizar consultas utilizando una variedad de parámetros de búsqueda como: información de entrada, citas, ensamblaje molecular, descripciones experimentales, parámetros de RMN, etc. La página también contiene enlaces a búsquedas de restricciones y metabolómica [10]
La cuadrícula de restricciones de RMN se puede buscar por número PDB o BMRB, [6] y también por tipos específicos de restricciones, como ángulo de torsión, distancia, acoplamiento dipolar residual, etc. [1]
A través de la página de búsqueda de metabolómica [11] , se pueden buscar compuestos específicos en la base de datos por nombre, fórmula molecular, peso molecular, número de identificación y estructura molecular. Se pueden buscar entradas con condiciones experimentales específicas (disolvente o intensidad de campo). La interfaz también permite buscar compuestos con listas de picos espectrales de RMN 1D o 2D coincidentes. [1]
El BMRB acepta deposiciones de grupos de investigación de todo el mundo. La deposición de datos que contienen solo datos espectrales de RMN (sin datos de coordenadas) se lleva a cabo a través del sitio BMRB utilizando el sistema de deposición ADIT-NMR. [12] Los tipos de datos aceptados incluyen: parámetros espectrales de RMN, datos de relajación y datos cinéticos y termodinámicos. Los datos deben ingresarse en el formato NMR-STAR, la conversión de otros formatos comunes se puede realizar utilizando el convertidor de archivos STARch proporcionado en el sitio. [13] El sitio también contiene un generador de plantillas NMR-STAR que produce tablas formateadas donde se pueden ingresar datos de RMN. [14] Los datos de dominio temporal de RMN se cargan por separado a través de FTP. [15] El BMRB alienta a los depositantes a validar sus datos de RMN antes del depósito, utilizando una de las herramientas de validación disponibles en el sitio BMRB, para verificar inconsistencias y errores. [16] Una vez depositados los datos, se comprueba su integridad, coherencia y anotaciones, se añaden enlaces a otras bases de datos y se genera un número de acceso BMRB. El depósito de datos que contienen datos de RMN y coordenadas se realiza a través del sistema de depósito OneDep de la wwPDB. [17] Una vez que los datos se validan y se aceptan, reciben los números de acceso PDB y BMRB.
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