El club es el primer representante futbolístico del primer puerto del Perú, el Callao, el cual sentó las bases para los futuros clubes chalacos, pasando de ser un club escuela a ser un club profesional, ganando reconocimiento, prestigio y confianza entre los hinchas del Callao, de Lima y del Perú, ya que hoy en día existen muchos clubes con el nombre de Atlético Chalaco , pero solo uno es el originario y tradicional. [En la actualidad, Atlético Chalaco es denominado “Patrimonio Histórico del Fútbol de la Provincia Constitucional del Callao”.
Cuenta con varios campeonatos ganados a nivel distrital, regional y nacional. En 1918 obtuvo el reconocimiento como campeón nacional al vencer al equipo de la naciente Liga Peruana de Fútbol, al que derrotó por 2 a 1. Ha sido campeón de la Primera División del Perú en dos oportunidades: 1930 y 1947. Y además cuenta con cuatro subcampeonatos nacionales los de 1948, 1957, 1958 y 1979.
Su clásico e histórico rival es el Sport Boys, con el que juega el Clásico Porteño pues ambos clubes son de la región Callao, y son los clubes más laureados del famoso puerto peruano. También tuvo rivalidades con los clubes limeños, con los que nacieron los clásicos Lima-Callao, entre ellos estuvo el Association Football Club, que luego se fusionaría con el Club Unión Ciclista Peruana, para formar el club Asociación Ciclista Lima, club que es su sucesor. Y no solo viste los colores de su camiseta, sino también el apodo de Decano por su antecesor, quien fue el primer club de fútbol peruano. También con Alianza Lima con el que disputó el antiguo clásico Lima-Callao. Encuentros feroces que demarcaron las fronteras culturales y sociales de limeños y chalacos.
Su vestimenta es legendaria, pues tiene los colores blanco y rojo que luego tendría la selección peruana de fútbol. Por las filas del "León Porteño" pasaron grandes jugadores y goleadores que alimentaron y formaron el carácter del fútbol peruano, como Telmo Carbajo, Claudio Martínez Bodero, Alfonso Saldarriaga, Enrique Salas, Antonio Maquilón, Manuel Puente, José Arana, Humberto Crescimbeni. , René Rosasco, Domingo Raffo, Félix Mina, Carlos Torres, Andrés Bedoya, Óscar Arizaga, Augusto Prado.
El club jugó durante largas temporadas en el estadio Telmo Carbajo hasta su discontinuación por la inauguración del estadio Miguel Grau. El antiguo modelo de estadio bautizado posteriormente en honor al máximo ídolo del Atlético Chalaco, Telmo Carbajo, fue siempre el reducto de la furia chalaca que todos los días se escuchaba retumbar a viva voz “furia chalaco, furia chalaco”. Actualmente el Chalaco ha vuelto a entrenarse en su casa, el estadio Telmo Carbajo.
El club también participa en torneos de fútbol júnior, juvenil y máster.
El club fue fundado el 9 de junio de 1902 por jóvenes estudiantes del Instituto Chalaco en la calle Marco Polo Nº 19, casa del capitán don Federico Rincón, padre de uno de los estudiantes fundadores. Su primer Presidente fue César Rivera, quien a la vez era el capitán del equipo y designó como Presidente Honorario a Augusto Cazorla, director del instituto. Muy rápidamente el club conquistó el cariño de los callaos dejando testimonios imborrables a través de muchas generaciones que obtuvieron triunfos que ayudaron al contacto y desarrollo del pueblo. Se lo conoce popularmente como el León Porteño y el "Decano del Fútbol Porteño".
Su debut fue un 24 de septiembre del año 1902, enfrentándose al Sport Victoria, venciendo al Chalaco por 1-0. Poco a poco fue destacando entre los clubes del Callao de esa época comenzando a competir contra los clubes limeños en algunos encuentros que incluso terminaron en batalla campal. La primera Olimpiada Nacional se realizó por el año 1917, y en el Campeonato se impuso como invicto, obteniendo como premio un gran escudo que fue exhibido en sus antiguas localidades de la (Hoy Av. Sáenz Peña) contando en sus filas con algunos de los jugadores más representativos de la época como Telmo Carbajo y Claudio Martínez.
El 7 de septiembre de 1924, formando un combinado con el club Unión Buenos Aires , goleó a la selección uruguaya por 1 a 0, en un partido histórico frente a los uruguayos. Destacaron en dicho partido los jugadores: Enrique Álvarez, Alfonso "El sereno" Saldarriaga, Antonio Maquilón , Faustino Mustafich, José "Patuto" Arana, Enrique Salas, Félix Muñoz, Esteban Dagnino, Manolo Puente y Juan Sudman.
En 1928 se convierte en el primer equipo de fútbol peruano que viaja a Quillota, Chile , ante los equipos de San Luis, Santiago Wanderers , Colo-Colo y otros, con el fin de curar heridas en la Guerra del Pacífico entre ambos países y de 8 partidos que mantiene con los principales equipos, solo pierde uno en su debut frente a Colo-Colo .
En 1930, el club se coronó campeón de la Primera División tras vencer 2-1 a Alianza Lima en la última jornada, con la siguiente alineación: Enrique Álvarez; P.Ureta, Martínez, Enrique Salas, Juan Rivero, Faustino Mustafich, José Arana, Miñán, Miguel Rostaing, Manolo Puente, Miguel Arana.
En 1947, luego de una gran campaña y bajo la presidencia de Mario Chiabra, el Atlético Chalaco, se consagra nuevamente Campeón Nacional, participaron en dicho campeonato bajo la dirección del entrenador "Patuto" Arana los siguientes jugadores: Humberto Becerra, Eliseo Moral, René Rosasco, Juan Lecca, Félix Mina, "Perejil" Reynaldo Luna, Ernesto "Chicha" Morales, Guillermo Aguilar, Luis Rodríguez, Domingo Raffo (capitán), Carlos Torres, Juan "Cartucho" Castillo. También participaron Juan Alcázar, Francisco Viacava, Julio Navarrete, Armando Agurto, Béjar y León.
En 1948 fueron Subcampeones nacionales, en ese año viajaron a Guayaquil , Ecuador luego de una brillante campaña regresaron invictos.
En la década de 1950 el equipo se ganó el apodo de 'Ballet Porteño' por su buen juego destacando el arquero paraguayo Adolfo Riquelme , Andrés Bedoya, Sabino Bártoli, Luis Portanova, Jacinto Villalba, Germán Colunga, Rene Rosasco, Felix Mina, Santiago Armandola, Gualberto Bianco, Antonio Aguiar y Luis López. En esa década el club logró los subcampeonatos de los años 1957 y 1958. El primero lo perdió ante el Centro Iqueño y en la siguiente definió en un Clásico Porteño en última fecha ante su vecino rival el Sport Boys , al que superó en la tabla por un punto, pero no pudo celebrar ese clásico por lo que cayó derrotado por 1 a 0 y en consecuencia perdió el Título Nacional.
En 1962 entró en una etapa de dificultades económicas que lo llevó a perder la categoría descendiendo a jugar en la Segunda División donde se mantuvo hasta 1965, cuando desciende a la Primera Amateur en la Liga del Callao.
Luego de una intensa lucha por recuperar su sitial de honor, en 1971 fue campeón en la Liga del Callao y al ganarle el jonrón de la Interliga a los equipos de Lima asciende a la Segunda División . En 1972, ya con Alberto “Toto” Terry como técnico, campeón en la Segunda División tras vencer por 2 – 1 al Porvenir Miraflores logrando el ascenso a la Primera División. El Callao entero se vistió de fiesta con el triunfo del Chalaco y su regreso a la máxima división del fútbol peruano.
En 1979, con la dirección técnica de César Cubilla, el club del Callao es subcampeón y se clasifica para representar al Perú en la Copa Libertadores 1980 junto al equipo del Sporting Cristal enfrentándose a los equipos campeones de Argentina el River Plate y el Vélez Sársfield . De esa plantilla destacaron Fernando Apolinario, Augusto Prado, Oscar Arizaga , Víctor Benavides, Javier Chirinos y Alberto Castillo . El año 1985 queda último en el torneo Metropolitano y desciende. Desde entonces, realizó campañas irregulares en la Liga del Callao.
En 1987 pudo regresar a la primera división aunque el equipo perdió vía penales ante Guardia Republicana . En los últimos años el León Porteño armó buenos planteles y avanzó en la Copa Perú , pero no logró superar la fase Regional de las versiones 2000, 2002, 2005 y 2007.
15 de Octubre de 2003, se escribe la nueva historia para el club, la tercera sala penal de justicia del Callao , regresa al histórico club al puerto junto a su hinchada luego de 20 años de ardua lucha, este proceso tuvo su fruto pues en un letargo muy lento luego de 10 "comités de recuperación" el último que logró esta gran hazaña, fue el titular por.
En el 2008 es elegido presidente Alex Kouri , realizando una importante inversión para lograr el título de la Copa Perú y el ascenso a Primera División , sin embargo nuevamente sólo llegaría a la Fase Regional donde sería eliminado por el Unión Supe que lo derrotó en ambos partidos. El 18 de febrero de 2009 Kouri renunció a la presidencia, asumiendo el cargo de manera interina Abelardo D´Angelo Cobos.
Demetrio Medina (1987-1988)Atilio Escate (1988-1989)Rafael Farfán (1989)Gabriel Sánchez (1990)Compañía Lorenzo (1993)Alfredo Humberto Morales Isla (1995-1997)Mario Vega (2004)Moisés Barack (2005)Atilio Escate (2006)Sigifredo Montes de Oca (2007)
Horacio Baldessari (2008)Manuel Campos (2009)Atilio Escate (2009)Cristóbal Suárez (2010)César Roca (2011-2012)Juan Carlos Rodríguez (2013)César Roca (2014-2016)Carlos Tori (2019)Juan Carlos Tupac Yupanqui Niño de Guzmán (2020)Omar Zegarra (2021)José Ramírez Zacarías (2022)Carlos Tori (2022)Jorge La Rosa (2023-)