Nació en Washington y se crio en la ciudad de Raleigh (Carolina del Norte).
Como periodista, entre 1970 y 1971 trabajó en el diario News and Courier, de Charleston (Carolina del Sur).
Tuvo otros empleos hasta que en 1976 comienza a publicar Historias de San Francisco, que salían junto al diario San Francisco Chronicle.
Los relatos describen la vida en la Costa Oeste, basándose en un grupo de amigos heterosexuales y homosexuales.
Estuvo en pareja con Terry Anderson, activista por los derechos LGBT (Maupin también ha realizado actividades en esta área) y desde febrero del 2007 está casado con Christopher Turner, fotógrafo y productor de sitios web.