Alineación generalizada de árboles

En filogenética computacional , la alineación de árboles generalizada es el problema de producir una alineación de secuencias múltiples y un árbol filogenético en un conjunto de secuencias simultáneamente, en lugar de hacerlo por separado. ^[1]

Formalmente, la alineación de árboles generalizada es el siguiente problema de optimización.

Entrada : Un conjunto y una función de distancia de edición entre secuencias, ${\displaystyle S}$ ${\displaystyle d}$

Salida : Un árbol etiquetado con hojas y etiquetado con secuencias en los nodos internos, de modo que se minimiza, donde es la distancia de edición entre los puntos finales de . ^[2] ${\displaystyle T}$ ${\displaystyle S}$ ${\displaystyle \Sigma _{e\in T}d(e)}$ ${\displaystyle d(e)}$ ${\displaystyle e}$

Tenga en cuenta que esto contrasta con la alineación de árboles , donde el árbol se proporciona como entrada.

Referencias

1. Schwikowski, Benno; Vingron, Martin (1997). "La heurística de la ruta diferida para el problema de alineación de árboles generalizado". Revista de biología computacional . 4 (3): 415–431. doi :10.1089/cmb.1997.4.415. ISSN  1066-5277. PMID  9278068.
2. Srinivas Aluru (21 de diciembre de 2005). Manual de biología molecular computacional. CRC Press. págs. 19-26. ISBN 978-1-4200-3627-5.