Srinivas Aluru

informático estadounidense

Srinivas Aluru es profesor en la Escuela de Ingeniería y Ciencias Computacionales del Instituto de Tecnología de Georgia y codirector ejecutivo del Instituto de Investigación Interdisciplinaria Georgia Tech en Ingeniería y Ciencia de Datos. ^{[1] [2]} Sus principales áreas de investigación son la informática de alto rendimiento, la ciencia de datos, la bioinformática y la biología de sistemas, los métodos combinatorios en la informática científica y los algoritmos de cadenas. Aluru es miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia (AAAS) y del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos (IEEE). Es mejor conocido por sus contribuciones a la investigación en algoritmos y aplicaciones paralelas , la investigación interdisciplinaria en bioinformática y biología computacional y, en particular, la intersección de estos dos campos. ^{[3] [4]}

Educación

Aluru completó su B.Tech en informática en el Instituto Indio de Tecnología de Madrás en el año 1989. Luego recibió una maestría y un doctorado. Licenciatura en Ciencias de la Computación en 1991 y 1994, ambas de la Universidad Estatal de Iowa . Su tesis doctoral fue "Métodos jerárquicos de N cuerpos independientes de la distribución". ^[1]

Carrera e investigación

Aluru comenzó su carrera en 1991 como asistente de investigación en el Laboratorio Ames . Después de obtener su doctorado, trabajó brevemente en la Universidad de Syracuse como profesor asistente visitante antes de incorporarse como profesor asistente en el Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad Estatal de Nuevo México . En 1999, regresó a su alma mater para trabajar como miembro de la facultad en el Departamento de Ingeniería Eléctrica e Informática. En Iowa State, ocupó la Cátedra Stanley de Ingeniería Interdisciplinaria (2006-2009) y la Cátedra Mehl (2009-2013). Presidió el programa interdepartamental de bioinformática (2005-2007) y se desempeñó como presidente asociado de investigación y educación de posgrado en el departamento de ECE (2003-2006). Ganó varios premios de investigación universitaria, incluidos premios al inicio de su carrera, a mitad de su carrera y a logros destacados en investigación, y dirigió investigaciones en informática de alto rendimiento y bioinformática. En 2013, se trasladó a la Escuela de Ingeniería y Ciencias Computacionales del Instituto de Tecnología de Georgia . ^[1]

El enfoque de investigación de Aluru se ha centrado en contribuciones a algoritmos paralelos y bioinformática, particularmente genómica . Fue pionero en el desarrollo de métodos paralelos en biología computacional y en el desarrollo de algoritmos y software para el análisis de secuenciación de ADN de alto rendimiento y sus aplicaciones. En este contexto, parte del trabajo de su grupo condujo al desarrollo de algoritmos de cadenas fundamentales, particularmente para la construcción de matrices de sufijos y algoritmos para la coincidencia aproximada de secuencias. También resolvió el problema abierto de calcular la distancia de edición de cadenas o las alineaciones de secuencias biológicas en tiempo y espacio óptimos. Colaboró ​​con científicos del campo en varios proyectos de alto impacto, incluida la secuenciación del genoma del maíz, la búsqueda de genes novedosos en el maíz y el descubrimiento de mecanismos genéticos que subyacen al crecimiento y la respuesta a la sequía en las plantas. ^[5]

Uno de los primeros pioneros en big data, Aluru dirigió uno de los ocho proyectos inaugurales de big data de mediana escala NSF-NIH adjudicados en la primera ronda de inversiones federales en big data en 2012. Ha contribuido a los talleres de la Casa Blanca dirigidos por NITRD y OSTP, y a NSF. y el DOE lideró los esfuerzos para crear y fomentar la investigación de big data. Lideró los esfuerzos para crear el Centro de Innovación Regional de Big Data del Sur de NSF, ^[6] que fomenta asociaciones de big data entre organizaciones en los 16 estados del sur de EE. UU. y Washington, DC.

Premios

• Miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia ^[7]
• Miembro del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos (IEEE) y de la IEEE Computer Society ^[1]

Publicaciones Seleccionadas

• Schnable, Patrick S.; Artículos, Doreen; Fulton, Robert S.; Stein, Josué C.; Wei, Fusheng; Pasternak, Shiran; Liang, Chengzhi; Zhang, Jianwei; Fulton, Lucinda (20 de noviembre de 2009). "El genoma del maíz B73: complejidad, diversidad y dinámica". Ciencia . 326 (5956): 1112-1115. Código Bib : 2009 Ciencia... 326.1112S. doi : 10.1126/ciencia.1178534. ISSN  0036-8075. PMID  19965430. S2CID  21433160.
• Ko, Pang; Aluru, Srinivas (25 de junio de 2003). "Construcción de matrices de sufijos en tiempo lineal con eficiencia espacial". Coincidencia de patrones combinatorios . Apuntes de conferencias sobre informática. vol. 2676. Springer, Berlín, Heidelberg. págs. 200–210. doi :10.1007/3-540-44888-8_15. ISBN 978-3540448884.
• Huang, Xiaoqiu; Wang, Jianmin; Aluru, Srinivas; Yang, Shiaw-Pyng; Hillier, LaDeana (1 de septiembre de 2003). "PCAP: un programa de ensamblaje del genoma completo". Investigación del genoma . 13 (9): 2164–2170. doi :10.1101/gr.1390403. ISSN  1088-9051. PMC  403719 . PMID  12952883.
• Kim, Dong Kyue; Sim, Jeong Seop; Parque, Heejin; Parque, Kunsoo (25 de junio de 2003). "Construcción en tiempo lineal de matrices de sufijos". Coincidencia de patrones combinatorios . Apuntes de conferencias sobre informática. vol. 2676. Springer, Berlín, Heidelberg. págs. 186-199. CiteSeerX  10.1.1.458.3655 . doi :10.1007/3-540-44888-8_14. ISBN 978-3540448884.
• Yu, Xiaofei; Li, Lei; Zola, Jaroslaw; Aluru, Maneesha; Vosotros, Huaxun; Foudree, Andrés; Guo, Hongqing; Anderson, Sara; Aluru, Srinivas (1 de febrero de 2011). "Una red transcripcional de brasinosteroides revelada mediante la identificación de todo el genoma de genes diana BESI en Arabidopsis thaliana". El diario de las plantas . 65 (4): 634–646. doi :10.1111/j.1365-313X.2010.04449.x. ISSN  1365-313X. PMID  21214652.
• Aluru, Srinivas (21 de diciembre de 2005). Manual de biología molecular computacional. Prensa CRC. ISBN 9781420036275.
• Yang, X.; Chockalingam, SP; Aluru, S. (1 de enero de 2013). "Un estudio de métodos de corrección de errores para la secuenciación de próxima generación". Sesiones informativas en Bioinformática . 14 (1): 56–66. doi : 10.1093/bib/bbs015 . ISSN  1467-5463. PMID  22492192.
• Aluru, Srinivas (2005). "Construcción de matrices de sufijos con eficiencia espacial y tiempo lineal". Revista de algoritmos discretos . 3 (2–4): 143–156. doi : 10.1016/j.jda.2004.08.002 .
• Yang, X.; Dorman, KS; Aluru, S. (15 de octubre de 2010). "Reptil: mosaico representativo para corrección de errores de lectura breve". Bioinformática . 26 (20): 2526–2533. doi : 10.1093/bioinformática/btq468 . ISSN  1367-4803. PMID  20834037.
• Ott, Michael; Zola, Jaroslaw; Stamatakis, Alexandros; Aluru, Srinivas (2007). "Análisis filogenético a gran escala basado en máxima verosimilitud en IBM Blue Gene / L". Actas de la conferencia ACM/IEEE de 2007 sobre supercomputación - SC '07 . pag. 1. doi :10.1145/1362622.1362628. ISBN 9781595937643. S2CID  16113442.
• Kalyanaraman, A. (1 de junio de 2003). "Agrupación eficiente de grandes conjuntos de datos EST en computadoras paralelas". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (11): 2963–2974. doi :10.1093/nar/gkg379. ISSN  0305-1048. PMC  156714 . PMID  12771222.
• Rajko, S.; Aluru, S. (diciembre de 2004). "Alineaciones de secuencias paralelas óptimas en espacio y tiempo". Transacciones IEEE en sistemas paralelos y distribuidos . 15 (12): 1070–1081. doi :10.1109/TPDS.2004.86. ISSN  1045-9219. S2CID  1183248.

Referencias

1. "La casa de Srinivas Aluru". www.cc.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
2. "Georgia Tech enfrenta los desafíos de Big Data uniéndose en un nuevo instituto". www.news.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
3. "NSF anuncia progreso interinstitucional en la iniciativa Big Data de la administración | NSF - National Science Foundation". www.nsf.gov . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
4. "Noticias - Vídeo - Srinivas Aluru de la Universidad Estatal de Iowa trabaja en la intersección de las ciencias biológicas y los big data. | NSF - National Science Foundation". www.nsf.gov . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
5. "Los investigadores detallan los mecanismos genéticos que gobiernan el crecimiento y la respuesta a la sequía en las plantas" . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
6. "Georgia Tech y RENCI de la UNC liderarán un importante esfuerzo que aplica soluciones de Big Data a los desafíos regionales | Facultad de Computación". www.cc.gatech.edu . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .
7. "Aluru, Srinivas". AAAS: la sociedad científica general más grande del mundo . 2016-08-29 . Consultado el 3 de diciembre de 2017 .