La FA Trophy 2008-09 fue la cuadragésima temporada de la FA Trophy , la competición de copa de la Asociación de Fútbol para equipos de los niveles 5 a 8 del sistema de liga de fútbol inglés . El número de equipos inscritos para esta temporada fue de 263.
· Los partidos de eliminatoria se jugarán el 4 de octubre de 2008.
Los partidos de eliminatoria se jugarán el 18 de octubre de 2008.
En esta ronda participaron equipos de la Premier Division de la Southern League, la Northern Premier League y la Isthmian League.
Los partidos de eliminatorias se jugarán el 1 de noviembre de 2007.
Los partidos de eliminatorias se jugarán el 22 de noviembre de 2007.
En esta ronda participaron equipos de la Conferencia Norte y la Conferencia Sur.
Esta ronda es la primera en la que los equipos de la Conferencia Premier se unen a los de las categorías inferiores del Sistema de la Liga Nacional .
Los partidos de eliminatoria se jugarán el 13 de diciembre de 2008.
Los partidos de eliminatoria se jugarán el 10 de enero de 2009.
Los partidos de eliminatoria se jugarán el 31 de enero de 2009.
Los partidos de eliminatoria se jugarán el 21 de febrero de 2009.