La Segunda Liga de Fútbol de Macedonia 2006-07 fue la decimoquinta temporada desde su creación. Comenzó el 5 de agosto de 2006 y terminó el 26 de mayo de 2007. [1]
Cada equipo jugará tres veces contra cada equipo, lo que sumará un total de 33 partidos. Las primeras 22 jornadas se jugarán con un sistema de todos contra todos a doble vuelta. La clasificación de la liga en ese momento se utilizará para determinar los partidos de las últimas 11 jornadas.
Nota: Después del caos de los play-offs, la Federación de Fútbol de Macedonia decidió que ningún equipo descendiera de la Segunda División y que los 5 ganadores de la Tercera División ascendieran. Además, la FFM decidió que se jugaría un partido de play-off adicional entre los dos equipos que ocuparon el segundo lugar del grupo Norte de la Tercera División, Lokomotiva, y el segundo lugar del grupo Suroeste, Korabi, y el ganador, Lokomotiva, ascendería a la Segunda División. [1]