La Copa de Fútbol de Macedonia 2006-07 fue la 15.ª temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Macedonia . El Makedonija GP fue el campeón defensor, tras haber ganado su primer título. El campeón de 2006-07 fue el Vardar , que ganó su quinto título.
Los partidos se jugaron el 30 de julio de 2006.
1 Interrumpido en 0-2. Partido adjudicado a Shkëndija 79.
El sorteo se celebró el 18 de agosto de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 20 de septiembre y los de vuelta el 18 de octubre de 2006.
El sorteo se celebró el 20 de octubre de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 1 de noviembre y los de vuelta el 29 de noviembre de 2006.
El sorteo se celebró el 5 de diciembre de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 11 de abril y los de vuelta el 2 de mayo de 2007.
Pobeda ganó 3-1 en el global.
El Vardar ganó 3-2 en el global.