La edición de 2006 de la carrera ciclista París-Niza se celebró del 5 al 12 de marzo. La carrera fue ganada por el ciclista estadounidense Floyd Landis , del equipo Phonak .
En la etapa prólogo, el ganador de la general de 2005, Bobby Julich, retuvo la camiseta amarilla y blanca de líder de la general después de derrotar al kazajo Andrey Kaschechkin , que mantuvo el mejor tiempo durante la mayor parte de la etapa, por un estrecho margen de 1 segundo. Como ganador de la primera etapa recibió también el maillot verde/blanco de puntos. El maillot azul al mejor corredor joven fue para Alberto Contador .
Al ganar el sprint del pelotón en Saint-Amand-Montrond por delante de Allan Davis , Tom Boonen (quinto en la etapa prólogo a cinco segundos de Bobby Julich ) se hizo con el maillot amarillo/blanco gracias a la bonificación de tiempo concedida a los ganadores de etapa. También consiguió el primer puesto en la clasificación por puntos.
Después de una breve escapada en solitario de David Zabriskie , los franceses Cristophe Laurent y Stéphane Augé lanzaron un largo ataque en el km 60, pero fueron alcanzados por el pelotón perseguidor sólo 2 km antes de la línea de meta. Augé recibió el primer maillot rojo de lunares en la clasificación de montaña.
En la etapa 2 se repitió la victoria de Tom Boonen sobre Allan Davis en la primera etapa, y el belga terminó primero en otro sprint grupal.
El maillot de lunares de la montaña cambió de manos debido a una larga escapada del corredor francés Nicolas Crosbie , que estableció una ventaja máxima de 27'30" tras 81 kilómetros. Crosbie fue alcanzado por el pelotón 10 km antes de la meta.
El maillot azul al mejor corredor joven fue otorgado a Benoît Vaugrenard , que se hizo con el primer puesto, mientras que el ex líder Alberto Contador finalizó a 1'13 del pelotón.
En la tercera etapa hasta Saint-Étienne , donde el corredor kazajo Andrei Kivilev murió después de una caída en la edición París-Niza de 2003 (lo que llevó a la UCI a hacer obligatorio el uso de casco durante todas las carreras autorizadas por la UCI), hubo algunos cambios en en la clasificación de la carrera, ya que el estadounidense Floyd Landis se hizo con la primera plaza de la general, situándose segundo en la etapa tras Patxi Xabier Vila Errandonea .
Nicolas Crosbie y Tom Boonen conservaron sus respectivos maillots de escalador y velocista, mientras que el maillot azul del mejor corredor joven fue otorgado a Stefan Schumacher , que finalizó a 1'25 del ganador.
Como se esperaba de una etapa montañosa, la Etapa 3 vio intentos de fuga en las diferentes subidas, la fuga definitoria tuvo lugar en la última subida del día, el Col de la Croix de Chaubouret .