La temporada 2005-06 de la Tercera División de Chipre fue la 35.ª temporada de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . El AEM Mesogis ganó su primer título.
En la temporada 2005-06 participaron catorce equipos de la Tercera División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Segunda División de Chipre 2006-07 y los tres últimos descendieron a la Cuarta División de Chipre 2006-07 .
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Segunda División de Chipre 2005-06
Equipos descendidos de la Segunda División de Chipre 2004-05
Equipos ascendidos de la Cuarta División de Chipre 2004-05
Equipos descendidos a la Cuarta División de Chipre 2005-06