La temporada 2006-2007 de la Segunda División de Chipre fue la 52.ª temporada de la segunda división de fútbol de Chipre . El APOP Kinyras ganó su segundo título.
En la Segunda División de Chipre 2006-07 participaron catorce equipos. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Primera División de Chipre 2007-08 y los tres últimos descendieron a la Tercera División de Chipre 2007-08 .
Equipos ascendidos a la Primera División de Chipre 2006-07
Equipos descendidos de la Primera División de Chipre 2005-06
Equipos ascendidos de la Tercera División de Chipre 2005-06
Equipos descendidos a la Tercera División de Chipre 2006-07