La Eurocopa FIBA 2005-06 fue la tercera temporada de la Eurocopa FIBA , la tercera competición de baloncesto de clubes paneuropea más fuerte. Fue la primera temporada de la competición bajo el nuevo nombre EuroCup , que ahora se utiliza para la antigua Copa ULEB . En la competición participaron un total de 32 equipos de 20 países. La temporada terminó con la Final Four de la Eurocopa, que se celebró en Kiev , Ucrania . El Joventut Badalona ganó la copa tras derrotar al BC Khimki por 88–63 en la final.
Un número de 32 equipos se dividieron en 8 grupos de cuatro equipos cada uno. Los dos mejores equipos de cada grupo avanzaron a la siguiente fase, donde se dividieron en nuevos cuatro grupos de cuatro. Los dos mejores equipos de cada grupo en la segunda fase de grupos avanzaron a los cuartos de final, que se jugaron en un sistema de playoffs al mejor de tres . El ganador de cada serie avanzó a la Final Four de la Eurocopa de 2006, que se celebró en Kiev .
El número de equipos se mantuvo en 32, de los cuales 7 fueron campeones nacionales (incluida Croacia) y 4 subcampeones, incluidos Francia e Israel.