La FIBA EuroCup Challenge 2005-06 fue la cuarta edición de la competición transnacional de cuarto nivel de Europa para clubes de baloncesto profesionales masculinos. [1] 24 equipos participaron en la competición de la temporada. El equipo ruso Ural Great Perm ganó el título, tras vencer al equipo ucraniano Khimik en la final a doble partido.
Los 16 primeros se disputaron eliminatorias a dos partidos determinadas por la puntuación global. Los partidos de ida se jugaron el 8 de diciembre. Todos los partidos de vuelta se jugaron el 15 de diciembre.
Los cuartos de final fueron eliminatorias a dos partidos determinadas por el marcador global. Los partidos de ida se jugaron el 19 de enero. Todos los partidos de vuelta se jugaron el 26 de enero.
Las semifinales fueron eliminatorias a dos partidos determinadas por el marcador global. Los partidos de ida se jugaron el 23 de febrero. Todos los partidos de vuelta se jugaron el 2 de marzo.