La Copa de Croacia de Fútbol 2003-04 fue la 13.ª edición de la principal competición eliminatoria de fútbol de Croacia . El Hajduk Split fue el vigente campeón y la copa acabó siendo ganada por el Dinamo de Zagreb gracias a la regla de los goles de visitante, después de que el resultado global en la eliminatoria final fuera 1-1 contra el Varteks . Este fue el séptimo título de copa croata para el Dinamo y la cuarta final sin victoria para el Varteks.
El Dinamo Zagreb ganó 4-3 en el global.
Varteks ganó 8-2 en el global.
El Dinamo de Zagreb ganó gracias a los goles marcados fuera de casa .