La Copa de Fútbol de Croacia 2003-04 fue la decimotercera edición de la principal competición eliminatoria de fútbol de la asociación de Croacia . El Hajduk Split fue el campeón defensor, y la copa finalmente la ganó el Dinamo Zagreb gracias a la regla de los goles a domicilio después de que el marcador global en la eliminatoria final fuera 1-1 contra el Varteks . Esta fue la séptima copa de Croacia para el Dinamo y la cuarta final del Varteks sin ganar.
El Dinamo Zagreb ganó 4-3 en el global.
Varteks ganó 8-2 en total.
El Dinamo Zagreb ganó por la regla de los goles a domicilio .