La Copa de Kazajstán 1999-00 es la octava temporada de la Copa de Kazajstán , la competición anual de fútbol de Kazajstán desde la independencia del país. La competición comienza el 11 de mayo de 1999 y finalizará con la final en julio de 2000. Kaisar-Hurricane es el actual campeón, tras haber ganado su primera copa en la competición de 1998-99 .