La Copa de Kazajstán 1998-99 es la séptima temporada de la Copa de Kazajstán , la competición anual de fútbol de Kazajstán desde la independencia del país. La competición comienza el 6 de mayo de 1998 y finalizará con la final en julio de 1999. Irtysh es el actual campeón, tras haber ganado su primera copa en la competición de 1997-98 .