La Copa Heineken 1998-99 fue la cuarta edición de la Copa Heineken . Los equipos participantes de Francia , Irlanda , Italia , Gales y Escocia se dividieron en cuatro grupos de cuatro, en los que los equipos jugaron partidos de local y de visitante entre sí. Cardiff y Swansea no compitieron debido a una disputa con su unión, la Welsh Rugby Union , mientras que los equipos de Inglaterra no compitieron debido a una disputa entre European Rugby y la Rugby Football Union . Los ganadores y subcampeones de grupo se clasificaron para las etapas eliminatorias.
En los partidos de grupo los equipos recibieron 2 puntos por victoria, 1 punto por empate y 0 puntos por derrota.