La temporada 1988-89 de la Southern Football League fue la número 86 en la historia de la liga, una competición de fútbol inglesa .
Merthyr Tydfil ganó la Premier Division y logró el ascenso a la Football Conference , mientras que Coventry Sporting , Wellingborough Town , Mile Oak Rovers , Tonbridge y Ruislip abandonaron la liga al final de la temporada.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 16 clubes de la temporada anterior y seis clubes nuevos:
La División Midland estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 17 clubes de la temporada anterior y cinco clubes nuevos:
Además, al final de la temporada, Forest Green Rovers pasó a llamarse Stroud y Ashfield Hightree pasó a llamarse Sandwell Borough .
La División Sur estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y cuatro clubes nuevos:
Al final de la temporada, Thanet United volvió a llamarse Margate .