La temporada 1988-89 fue la 74.ª temporada de la Isthmian League , una competición de fútbol inglesa en la que participan clubes semiprofesionales y amateurs de Londres, el este y el sureste de Inglaterra .
La liga constaba de tres divisiones. La División Dos estaba dividida en dos secciones.
El Leytonstone/Ilford fue campeón en 1989, tras ganar su primer título de la Isthmian League tras cambiar de nombre en 1983. En el verano de 1988, el Oxford City había abandonado la liga tras perder terreno. También en el verano de 1988, el Walthamstow Avenue se fusionó con el Leytonstone/Ilford: el nuevo club recuperó el nombre del Leytonstone/Ilford y su lugar en la Premier Division.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 19 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
Al final de la temporada anterior, el club de la Primera División Walthamstow Avenue se fusionó con el Leytonstone/Ilford. El nuevo club comenzó la temporada siguiente en la Primera División con el nombre de club de la Primera División.
Al final de la temporada, el Leytonstone/Ilford no pudo ascender debido a problemas en el terreno de juego. El club cambió su nombre a Redbridge Forest antes de que comenzara la temporada siguiente.
Farnborough Town terminó segundo y ascendió a la Conferencia después de cuatro años en la Isthmian League.
La Primera División estaba formada por 21 clubes, incluidos 15 clubes de la temporada anterior y seis clubes nuevos:
Dos clubes descendidos de la Premier Division:
Dos clubes ascendidos de la División Dos Norte:
Dos clubes ascendidos de la División Dos Sur:
La División Uno comenzó la temporada un poco después de que Oxford City abandonara la liga tras perder su terreno, y Walthamstow Avenue se fusionó con Leytonstone/Ilford al final de la temporada anterior.
La División Dos Norte estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y cuatro clubes nuevos:
La División Dos Sur estaba formada por 21 clubes, incluidos 20 clubes de la temporada anterior y un club nuevo: