La FA Trophy 1979-80 fue la undécima temporada de la FA Trophy , y fue la primera temporada en la que la recién formada Alliance Premier League sería el Paso 5 en el Sistema Pirámide Inglés.
Los equipos que dieron pases directos a esta ronda son Stafford Rangers, Worcester City, Kettering Town, Altrincham, Telford United, Maidstone United, Scarborough, Boston United, Weymouth, Yeovil Town, Nuneaton Borough, Bangor City, Matlock Town, Bedford Town, Runcorn, Lancaster City, Enfield, Wycombe Wanderers, Dagenham, Tooting & Mitcham United, Leatherhead, Spennymoor United, Hendon, Slough Town, Winsford United, Marine, Blyth Spartans, Cheltenham Town, Mossley, Barking, Chorley y Bishop Auckland.