La temporada 1898-99 fue la cuarta temporada de Thames Ironworks después de la formación del club en 1895.
Durante el verano de 1898, Thames Ironworks se convirtió en un equipo profesional por primera vez, para estar a la altura de su nuevo estatus como nuevos miembros de la Southern League . Fue una decisión que tomó a regañadientes el presidente de Ironworks, Arnold Hills , quien siempre había creído en el ideal clásico del deporte competitivo como fin en sí mismo. Pero con el éxito que había estado disfrutando el club, junto con el aumento de multitudes en su sede Memorial Grounds, cedió y se le citó diciendo : "Puede que sea necesario introducir un poco de fermento de experiencia profesional para aligerar la masa pesada".
Los nuevos fichajes se sucedieron rápidamente e incluyeron la controvertida contratación del portero Tommy Moore del archirrival Millwall . Esto significó que no habría lugar para el portero David Furnell en la plantilla, y se le permitió transferirse al Hammersmith Athletic. El equipo se reforzó aún más defensivamente con el fichaje de George Neil de West Norwood, los laterales Tommy Dunn y Arthur Marjeram de Chatham y Swanscombe respectivamente y el medio izquierdo escocés Roddy McEachrane , que había jugado para Inverness Thistle junto con el medio extremo de Irons Simon Chisholm, y también había trabajado en el actual Thames Iron Works . Thames Ironworks se deshizo de Warmley de tres de los jugadores, con el medio central Peter McManus, junto con los delanteros George Reid y Henderson, todos ellos haciendo el viaje al este. Las opciones de ataque del equipo se incrementaron aún más con los fichajes de los extremos J. Reynolds de Gravesend y Patrick Leonard del Manchester City , junto con la incorporación del delantero centro David Lloyd de los antiguos rivales 3rd Grenadier Guards .
El 10 de septiembre de 1898, arrancaron la temporada en Shepherd's Bush y estaban en un gran momento de forma, venciendo al equipo del oeste de Londres por 3-0, con dos goles de Atkinson y uno de Adams. La forma continuó con una victoria en casa por 3-1 sobre el Brentford quince días después, y pronto siguió una victoria por 2-0 en la primera ronda de clasificación de la Copa de la FA , cuando "The Irons" se enfrentó nuevamente al Royal Engineers Training Battalion .
Octubre resultó ser un mes difícil para Thames Ironworks durante la temporada, ya que no logró registrar ni una sola victoria. Primero perdió como visitante contra Uxbridge por 1-2, antes de enfrentarse al Brighton United en la segunda ronda de clasificación de la FA Cup. Los Irons empataron 0-0 como visitantes en la costa sur, antes de perder el desempate cuatro días después por 1-4, con el único gol anotado por Henry Hird . El mes terminó de manera ridícula cuando en un partido de la Southern League el 29 de octubre, se enfrentaron a un equipo de Wycombe que había perdido sus cinco partidos anteriores. Los Irons perdieron su tren y llegaron al estadio Loakes Park de Buckinghamshire con una hora de retraso. El equipo, obviamente inestable, terminó jugando el partido bajo una lluvia torrencial y perdía por dos goles después de 15 minutos gracias a los goles anotados por Jim Aldridge. Aldridge había completado su triplete al medio tiempo. Wycombe ganaba 4-0 antes de que el interior de los Irons Jimmy Reid acortara distancias en el minuto 88.
Esta iba a ser la última derrota de la temporada para Thames Ironworks, que ganó nada menos que 17 de sus últimos 18 partidos, y solo empató 0-0 en Watford . El año terminó con la mayor victoria de los Irons en lo que va de temporada, en un partido fuera de casa contra Maidenhead el 31 de diciembre de 1898, que Thames Ironworks ganó por 4-0. Fue en este partido donde Charlie Dove completó la distinción de jugar en todas las posiciones para el club cuando sustituyó al portero Tommy Moore, y quizás sea aún más impresionante que lograra mantener su portería a cero.
El 14 de enero de 1899, el equipo de Thames Ironworks jugó su primer partido del nuevo año en el Memorial Grounds , cuando recibió al Wycombe. Esta vez, el portero del Wycombe, Ernie Wheeler , perdió el tren y el equipo comenzó el partido con solo diez jugadores en el campo. Su lateral Henry Turner comenzó en la portería y pronto concedió un gol en propia puerta de uno de sus defensores. Un aficionado del Wycombe, que a menudo los reemplazaba cuando inesperadamente se quedaban cortos, se hizo cargo de la portería, pero pronto también fue superado por un disparo raso del central de los Irons, McEwan. El delantero centro de los Irons, David Lloyd, falló dos oportunidades, antes de anotar dos goles para poner a los Irons 4-0 arriba en el descanso. En la segunda mitad hubo dos penaltis, uno fallado por Lloyd y otro marcado por el jugador del Wycombe Fred Keen, para dejar el marcador final 4-1 y un resultado totalmente opuesto al de su encuentro anterior. Su gran forma continuaría durante el resto de la temporada, incluida una emocionante victoria por 4-3 como visitante contra Wolverton London & North Western Railway , que también tuvo su asistencia más baja de solo 200, y una victoria en casa por 8-1 sobre Chesham Town.
El Thames Ironworks, que ya se había confirmado como campeón de la Southern League Division Two tras haber ganado los 14 partidos anteriores, no mostró demasiada moderación en el último partido de la temporada contra Maidenhead , el 15 de abril de 1898. Con su mayor público local de la temporada, 3000 espectadores, los Ironworks destrozaron al último club de la división por 10-0. Los goles incluyeron cuatro de Patrick Leonard, un triplete de David Lloyd y dos de Jimmy Reid. El otro gol lo marcó Henderson.
Aunque ganaron la Southern League Second Division por 9 puntos, Thames Ironworks tuvo que jugar partidos de prueba para decidir su ascenso a la División Uno. El primero fue contra Cowes de la Isla de Wight el 22 de abril. Se habían clasificado para el partido de prueba al ganar la sección suroeste de la estructura de la liga, y el partido se jugó en el campo supuestamente neutral East Ferry Road del rival de Irons, Millwall . Una multitud de 10.000 personas vio a Thames Ironworks ganar el partido 3-1, con goles de David Lloyd, Patrick Leonard y Henderson. Los Ironworks luego tuvieron que enfrentarse al Sheppey United , que había terminado 12º en la Southern League Division One de 13 equipos, y había vencido a The Irons dos años y medio antes por 8-0 en un partido de la Copa FA. El partido tuvo lugar en el campo de Chatham el 29 de abril y terminó 1-1, con David Lloyd una vez más como goleador.
Antes de poder realizar una repetición, se decidió ampliar la división superior de la Liga Sur a 19 equipos, lo que permitiría a Thames Ironworks FC, así como a Sheppey United, Bristol Rovers y QPR unirse a la categoría superior.
Roddy McEachrane fue el único que estuvo presente en el equipo durante la temporada, haciendo 27 apariciones.
El máximo goleador fue David Lloyd con 14 goles. 12 de ellos se marcaron en la Liga Sur y los otros dos en los partidos de prueba contra Cowes y Sheppey.