En 1905 describió el pinzón azul de Gran Canaria como nueva subespecie.
Hartert publicó el diario de museo trimestral Novitates Zoologicae (1894-1939) con Rothschild, y Hand List of British Birds (1912) con Jourdain, Ticehurst y Witherby.
Escribió también Die Vögel der paläarktishen Fauna (1903-1922) y viajó por India, África y Sudamérica de parte de su patrón.
En 1930 se retiró a Berlín, donde murió en 1933.
La abreviatura Hartert se emplea para indicar a Ernst Hartert como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.