Actualmente, es administrada por la Corporation for Digital Scholarship, una organización sin fines de lucro dedicada al desarrollo de software y servicios para investigadores e instituciones que trabajan sobre patrimonio cultural y desarrollado por una comunidad global.
[3] El funcionamiento de Zotero se basa en los siguientes principios: Zotero fue creado en octubre de 2006 por Dan Cohen, Josh Greenberg y Dan Stillman, del Center for History and New Media de la Universidad George Mason.
Buscando en un diccionario inglés-albanés el equivalente del término aprendizaje, los creadores encontraron zotëroj, que hace referencia, en una de las acepciones del término, a «dominar o adquirir una habilidad en el aprendizaje»;[4] así habría sido cómo esta herramienta, haciendo honor a su nombre, empezó a dominar el mercado de los gestores de referencias por su facilidad de uso, funcionalidad y capacidad.
Desarrollado por primera vez como complemento para Firefox, actualmente es una de las aplicaciones más atractivas para el usuario con conocimientos informáticos básicos o medios.
Hasta 2017 era posible instalarlo como extensión del navegador web Firefox o como programa independiente (Zotero Standalone).