WHAT IF es un programa informático que se utiliza en una amplia variedad de campos de investigación de estructuras macromoleculares computacionales ( in silico ). El software proporciona un entorno flexible para mostrar, manipular y analizar moléculas pequeñas y grandes , proteínas , ácidos nucleicos y sus interacciones. [1] [2]
La primera versión del software WHAT IF fue desarrollada por Gert Vriend en 1987 en la Universidad de Groningen , Groningen , Países Bajos. [2] La mayor parte de su desarrollo se produjo durante 1989-2000 en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Heidelberg , Alemania. Otros colaboradores incluyen a Chris Sander y Wolfgang Kabsch. [3] En 2000, el mantenimiento del software se trasladó al Centro Holandés de Informática Molecular y Biomolecular (CMBI) en Nijmegen , Países Bajos. [1] Está disponible para uso interno o como recurso basado en la web. [4] A febrero de 2022 [actualizar], el artículo original que describe WHAT IF ha sido citado más de 4000 veces.
WHAT IF proporciona un entorno flexible para mostrar, manipular y analizar moléculas pequeñas , proteínas, ácidos nucleicos y sus interacciones. Un uso notable fue la detección de muchos millones de errores (a menudo pequeños, pero a veces catastróficos) en los archivos del Protein Data Bank (PDB). [5] WHAT IF también proporciona un entorno para: modelado de homología de estructuras terciarias y cuaternarias de proteínas ; validación de estructuras de proteínas, en particular las depositadas en el PDB; corrección de estructuras de proteínas ; visualización de macromoléculas y sus socios de interacción (por ejemplo, lípidos , fármacos , iones y agua ) y manipulación de macromoléculas de forma interactiva.
WHAT IF es compatible con varios otros paquetes de software de bioinformática , incluidos YASARA y Jmol . [1]