La agarasa ( EC 3.2.1.81, AgaA , AgaB , endo-β-agarasa , agarosa 3-glicanohidrolasa ) es una enzima con el nombre sistemático de agarosa 4-glicanohidrolasa . Se encuentra en las bacterias agarolíticas y es la primera enzima en la vía catabólica del agar . [1] Es responsable de permitirles utilizar el agar como su principal fuente de carbono y les permite prosperar en el océano.
Las agarasas se clasifican como α-agarasas o β-agarasas en función de si degradan los enlaces α o β de la agarosa, descomponiéndolos en oligosacáridos. Cuando se secretan, las α-agarasas producen oligosacáridos con 3,6 anhidro- L -galactosa en el extremo reductor, mientras que las β-agarasas dan lugar a residuos de D -galactosa. [2]
Como era de esperar, muchas especies de degradadores de agar son microorganismos marinos, una adaptación a su entorno que se desperdiciaría en la mayoría de los microorganismos existentes en la tierra (aunque existen ejemplos de este tipo, incluida una especie de Paenibacillus en la rizosfera de la espinaca [3] ). Desde especies dentro del género Vibrio [4] hasta Alteromonas [5], la presencia de agarasa permite que las bacterias degradadoras de agar sean una fuente abundante de alimento en el océano. La investigación también demuestra que la glucosa puede inhibir la secreción de agarasa extracelular (pero no la transcripción), lo que hace que se degrade dentro de la célula y, por lo tanto, limite el crecimiento de las bacterias. [5] Además, un estudio de los efectos de la limitación de fosfato en la agarasa muestra que limitar el fosfato aumenta tanto la producción de agarasa intracelular como la secreción extracelular, mientras que una limitación de magnesio no lo hace. [6] Esto resalta aún más el nicho que esta clase de bacterias generalmente ocupa, ya que la concentración de glucosa o fosfato en el océano es muy baja, mientras que la concentración de magnesio es generalmente mucho más alta, lo que favorece la producción de agarasa de las bacterias que degradan el agar; simplemente no hay necesidad de usar glucosa en el océano, por lo que muchos organismos no lo hacen.
Si bien el pH óptimo de la agarasa es 5,5, es estable en un rango tolerable, de 4,0 a 9,0. [4]