PAR-CLIP [1] ( entrecruzamiento e inmunoprecipitación mejorados con ribonucleósidos fotoactivables ) es un método bioquímico para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión al ARN celular (RBP) y los complejos de ribonucleoproteína que contienen microARN (miRNP). El método se basa en la incorporación de análogos de ribonucleósidos que son fotorreactivos , como 4-tiouridina (4-SU) y 6-tioguanosina (6-SG), en transcripciones de ARN nacientes por células vivas. La irradiación de las células con luz ultravioleta de una longitud de onda de 365 nm induce un entrecruzamiento eficiente de los ARN celulares marcados con nucleósidos fotorreactivos con las RBP que interactúan. La inmunoprecipitación de la RBP de interés es seguida por el aislamiento del ARN entrecruzado y coinmunoprecipitado. El ARN aislado se convierte en una biblioteca de ADNc y se secuencia en profundidad utilizando tecnología de secuenciación de próxima generación . [1] [2]
Recientemente, se ha aplicado PAR-CLIP para determinar los sitios de unión de todo el transcriptoma de varios complejos de ribonucleoproteína que contienen microARN y RBP conocidos con alta resolución. [1] [3] [4] [5]
Métodos similares
- CLIP-Seq , un método similar para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión al ARN celular (RBP) [6] o los sitios de modificación del ARN [7] utilizando luz UV para unir el ARN a las RBP sin la incorporación de grupos fotoactivables en el ARN.
Referencias
- ^ abc Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010). "Identificación de sitios diana de microARN y proteína de unión a ARN en todo el transcriptoma mediante PAR-CLIP". Cell . 141 (1): 129–141. doi :10.1016/j.cell.2010.03.009. PMC 2861495 . PMID 20371350.
- ^ Hafner, M.; Landthaler, M.; Burger, L.; Khorshid, M.; Hausser, J.; Berninger, P.; Rothballer, A.; Ascano, M.; Jungkamp, AC; Munschauer, M.; Ulrich, A.; Wardle, GS; Dewell, S.; Zavolan, M.; Tuschl, T. (2010). "PAR-CliP - Un método para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión al ARN en todo el transcriptoma". Journal of Visualized Experiments (41). doi :10.3791/2034. PMC 3156069. PMID 20644507 .
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- ^ Skalsky RL, Corcoran DL, Gottwein E, Frank CL, Kang D, Hafner M, Nusbaum JD, Feederle R, Delecluse HJ, Luftig MA, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2012). "El diana viral y celular de microARN en líneas celulares linfoblastoides". PLOS Pathogens . 8 (1): e1002484. doi : 10.1371/journal.ppat.1002484 . PMC 3266933 . PMID 22291592.
- ^ Gottwein E, Corcoran DL, Mukherjee N, Skalsky RL, Hafner M, Nusbaum JD, Shamulailatpam P, Love CL, Dave SS, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2011). "Dianatoma viral de microARN de líneas celulares de linfoma de efusión primaria infectadas con KSHV". Cell Host and Microbe . 10 (5): 515–526. doi :10.1016/j.chom.2011.09.012. PMC 3222872 . PMID 22100165.
- ^ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (noviembre de 2008). "HITS-CLIP ofrece información genómica sobre el procesamiento alternativo del ARN en el cerebro". Nature . 456 (7221): 464–9. Bibcode :2008Natur.456..464L. doi :10.1038/nature07488. PMC 2597294 . PMID 18978773.
- ^ Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24 de septiembre de 2015). "La mayoría de los residuos de m6A se encuentran en los últimos exones, lo que permite la posibilidad de regulación del UTR 3'". Genes & Development . 29 (19): 2037–53. doi :10.1101/gad.269415.115. PMC 4604345 . PMID 26404942.
Enlaces externos
- Base de datos starBase: decodificación de interacciones miRNA-mRNA, miRNA -lncRNA , miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA- pseudogen , proteína-lncRNA, proteína-ncRNA y redes ceRNA a partir de datos PAR-CLIP ( CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP ) y sitios objetivo de microRNA TargetScan [1] , PicTar, RNA22, miRanda y PITA .
- Base de datos doRiNA de BIMSB: una base de datos para explorar interacciones proteína-ARN, microARN-objetivo a partir de datos PAR-CLIP , CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP y predicciones de sitios objetivo de microARN de PICTAR.
- miRTarCLIP: un enfoque computacional para identificar interacciones microARN-objetivo utilizando secuenciación CLIP y PAR-CLIP de alto rendimiento .
- dCLIP: dCLIP es un programa Perl para descubrir regiones de unión diferencial en dos experimentos comparativos CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP o iCLIP).
- PARalyzer: PARalyzer es un algoritmo que genera un mapa de alta resolución de los sitios de interacción entre las proteínas que se unen al ARN y sus dianas. El algoritmo utiliza las lecturas de secuenciación profunda generadas a partir de los experimentos PAR-CLIP.
- ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12 de agosto de 2015). "Predicción de sitios diana eficaces para microARN en ARNm de mamíferos". eLife . 4 : e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X. PMC 4532895 . PMID 26267216.
