El equipo de fútbol americano Missouri Tigers de 2006 representó a la Universidad de Missouri durante la temporada de fútbol americano de la División I de la NCAA de 2006. Los Tigers tuvieron un récord de 8-5, incluido un récord de 4-4 en el Big 12 North . La temporada terminó con una derrota por 39-38 en el Sun Bowl ante Oregon State en El Paso . Jugaron sus partidos de local en Faurot Field en Columbia, Missouri , y fueron entrenados por el entrenador en jefe Gary Pinkel .