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Marco Pallen

Mark J. Pallen es un investigador líder en el Instituto Quadram y profesor de Genómica Microbiana en la Universidad de East Anglia . En los últimos años, ha estado a la vanguardia de los esfuerzos para aplicar la secuenciación de próxima generación a los problemas de la microbiología y la investigación del ADN antiguo .

Educación

Pallen se educó en Wallington High School . [1] Completó una licenciatura en ciencias médicas en Fitzwilliam College, Cambridge y obtuvo su título médico en el London Hospital Medical College . [2] [3] A principios de la década de 1990, obtuvo un doctorado mientras trabajaba en el St Bartholomew's Hospital Medical College . [4] A mediados de la década de 1990, trabajó para obtener un doctorado [5] bajo la supervisión de Gordon Dougan en el Imperial College . Durante este tiempo, fue capitán del equipo ganador del Imperial College en el concurso de televisión University Challenge , [6] mientras escribía una serie de artículos para el British Medical Journal , presentando la profesión médica a Internet. [7]

Genómica, metagenómica y bioinformática microbiana

En 2011, Pallen dirigió un análisis colaborativo del genoma de la cepa del brote de E. coli O104:H4 en Alemania en 2011 , que había sido secuenciado en la plataforma Ion Torrent por el BGI . [8] Casi al mismo tiempo, también dirigió un proyecto en el que se secuenció el genoma de un aislado del brote de E. coli O104:H4 en Alemania en 2011 en tres nuevas plataformas de secuenciación de sobremesa, lo que sirvió de referencia para estas nuevas plataformas. [9] También ha demostrado que la secuenciación del genoma completo se puede utilizar para rastrear la propagación de bacterias resistentes [10] y para estudiar la aparición de resistencia a los antimicrobianos . [11]

A través de análisis de muestras fecales del brote alemán de E. coli O104:H4 de 2011 y muestras de esputo de Gambia , Pallen demostró que la metagenómica se puede utilizar como un enfoque independiente del cultivo para el diagnóstico de infecciones bacterianas. [12] [13] Ha sido pionero en el uso de la metagenómica para abrir nuevas vías en la investigación del ADN antiguo, recuperando genomas de Mycobacterium tuberculosis de 200 años de antigüedad de restos humanos y una secuencia del genoma medieval de Brucella . [14] [15] Con Vince Gaffney y Robin Allaby, ha aplicado la metagenómica de escopeta a muestras sedimentarias de ADN antiguo, mostrando la presencia de trigo en las Islas Británicas 2000 años antes de lo esperado. [16] Pallen también ha utilizado la metagenómica para investigar el microbioma intestinal del pollo , el microbioma intestinal de los pacientes en la unidad de cuidados intensivos y los microbios que habitan en las garrapatas. [17] [18] [19]

De 2014 a 2020, Pallen fue investigador principal del proyecto de computación en la nube financiado por el MRC con £8 millones, Cloud Infrastructure for Microbial Bioinformatics (CLIMB), y ahora se desempeña como director del proyecto sucesor CLIMB-BIG-DATA . [20] [21] [22] [23] En 2020, el proyecto CLIMB recibió el premio HPCWire Readers' Best High Performance Computing Collaboration Award por apoyar el análisis y la publicación de secuencias del genoma del coronavirus durante la pandemia de COVID-19 . [24]

Nomenclatura microbiana

Los estudios de Pallen sobre el microbioma intestinal del pollo lo llevaron a proponer más de 800 nombres nuevos para los taxones bacterianos que se encuentran en este entorno. [17] Luego, Pallen desarrolló un sistema para automatizar la creación de nombres taxonómicos para bacterias, lo que resultó en la publicación de más de un millón de nombres nuevos disponibles para que la comunidad de investigación en microbiología los use para nombrar nuevos géneros bacterianos. [25] [26] Posteriormente, en un artículo de opinión en la revista New Microbes and New Infections [27] y una charla invitada para la Sociedad Internacional de Sistemática Microbiana de Bergey , [28] Pallen describió sus ideas para hacer que la nomenclatura bacteriana sea más accesible. En 2022, Pallen publicó más de 65 000 nombres para taxones bacterianos y arqueológicos previamente sin nombre en la Base de datos de taxonomía del genoma , utilizando scripts de Python para crear nombres arbitrarios fáciles de usar que cumplen con la fonotáctica y la gramática del latín . [29]

Pallen también ha estado activo en la nomenclatura viral, comenzando con la creación de más de 400 epítetos de especies para los virus bacterianos monocatenarios de sentido positivo de la familia Leviviridae . [30] En marzo de 2021, Pallen sugirió en un artículo de opinión en New Scientist que se debería encontrar una alternativa al uso de nombres geográficos para las variantes del SARS-CoV-2 , incursionando en el mundo clásico en busca de opciones. [31] A principios de 2021, Pallen participó en un grupo de trabajo de la OMS , impulsando la adopción de un esquema para nombrar variantes del SARS-CoV-2 con letras del alfabeto griego . [32]

En reconocimiento a los esfuerzos de Pallen por automatizar la creación de nombres para microbios, en 2022 se creó el nombre Palleniella para un nuevo género bacteriano que anteriormente formaba parte del género Prevotella . [33] [34] [35]

Comprensión pública de la ciencia

Pallen es el autor de un libro de divulgación científica, The Rough Guide to Evolution . [36] A raíz del juicio de 2005 Kitzmiller v. Dover Area School District , escribió una reseña con Nick Matzke , describiendo la evidencia de que el flagelo bacteriano es una entidad evolucionada en lugar de diseñada. [37] Encargó y revisó por pares la Rap Guide to Evolution de Baba Brinkman y fue responsable de reclutar a Alice Roberts para el papel de profesora de participación pública en la ciencia en la Universidad de Birmingham . En junio de 2011, Pallen apareció en un episodio del programa de radio In our Time de Melvin Bragg . [38]

En 2018, Pallen publicó un libro sobre el brote de viruela de 1978 en el Reino Unido , The Last Days of Smallpox: Tragedy in Birmingham [39] , que incluye una mezcla de ciencia popular y una narrativa histórica del brote y el juicio posterior. Pallen ha trabajado junto a Alice Roberts en el consejo asesor del Centro Milner para la Evolución en la Universidad de Bath [40] .

Referencias

  1. ^ "Exalumnos distinguidos - Escuela secundaria del condado de Wallington". www.wcgs-sutton.co.uk .
  2. ^ "Buenas lecturas de Fitz". www.fitz.cam.ac.uk . 17 de abril de 2020.
  3. ^ Sociedad de Microbiología. "Perfil del orador de Fleming Showcase: Profesor Mark Pallen". microbiologysociety.org .
  4. ^ Pallen, Mark John (1993). Detección y caracterización de genes de la toxina de la difteria y secuencias de inserción mediante PCR y otras técnicas moleculares. Tesis de doctorado, St Bartholomew's Hospital Medical College, 1993 (Ph.D).
  5. ^ Pallen, Mark John (1998). Una investigación sobre los vínculos entre la fase estacionaria y la virulencia en Salmonella enterica enterical serovar typhimurium. Tesis doctoral, Imperial College London, 1998 (Ph.D).
  6. ^ "Ganadores del Desafío Universitario – Mayo de 1996".
  7. ^ Mark Pallen (1995). "Guía de Internet: Introducción a Internet". British Medical Journal . 311 (7017): 1422–4. doi :10.1136/bmj.311.7017.1422. PMC 2544383 . PMID  8520280. 
  8. ^ Rohde; et al. (2011). "Análisis genómico de código abierto de E. coli O104:H4 productora de toxina Shiga" (PDF) . N Engl J Med . 365 (8): 718–24. doi :10.1056/NEJMoa1107643. PMID  21793736.
  9. ^ Loman; et al. (2012). "Comparación del rendimiento de plataformas de secuenciación de alto rendimiento de sobremesa". Nature Biotechnology . 30 (5): 434–9. doi :10.1038/nbt.2198. PMID  22522955. S2CID  5300923.
  10. ^ Halachev; et al. (2014). "Epidemiología genómica de un brote hospitalario prolongado causado por Acinetobacter baumannii resistente a múltiples fármacos en Birmingham, Inglaterra". Genome Medicine . 6 (11): 70. doi : 10.1186/s13073-014-0070-x . PMC 4237759 . PMID  25414729. 
  11. ^ Hornsey; et al. (2011). "Comparación de todo el genoma de dos aislamientos de Acinetobacter baumannii de un solo paciente, donde se desarrolló resistencia durante la terapia con tigeciclina". J Antimicrob Chemother . 66 (7): 1499–503. doi : 10.1093/jac/dkr168 . PMID  21565804.
  12. ^ Loman; et al. (2013). "Un enfoque metagenómico basado en secuencias e independiente del cultivo para la investigación de un brote de Escherichia coli O104:H4 toxigénica de Shiga". JAMA . 309 (14): 1502–10. doi :10.1001/jama.2013.3231. PMID  23571589.
  13. ^ Doughty; et al. (2014). "Detección y caracterización independiente del cultivo de Mycobacterium tuberculosis y M. africanum en muestras de esputo utilizando metagenómica shotgun en un secuenciador de sobremesa". PeerJ . 2 : e585. doi : 10.7717/peerj.585 . PMC 4179564 . PMID  25279265. 
  14. ^ Kay; et al. (2015). "Los genomas del siglo XVIII muestran que las infecciones mixtas eran comunes en la época de mayor incidencia de la tuberculosis en Europa". Nature Communications . 6 : 6717. Bibcode :2015NatCo...6.6717K. doi :10.1038/ncomms7717. PMC 4396363 . PMID  25848958. 
  15. ^ Kay; et al. (2015). "Recuperación de un genoma medieval de Brucella melitensis mediante metagenómica de escopeta". MBio . 5 (4): e01337-14. doi :10.1128/mBio.01337-14. PMC 4161259 . PMID  25028426. 
  16. ^ Smith; et al. (2015). "El ADN sedimentario de un yacimiento sumergido revela la presencia de trigo en las Islas Británicas hace 8000 años". Science . 347 (6225): 998–1001. Bibcode :2015Sci...347..998S. doi :10.1126/science.1261278. hdl : 10454/9405 . PMID  25722413. S2CID  1167101.
  17. ^ ab Gilroy; et al. (2021). "Amplia diversidad microbiana dentro del microbioma intestinal del pollo revelada por metagenómica y cultivo". PeerJ . 9 : e10941. doi : 10.7717/peerj.10941 . PMC 8035907 . PMID  33868800. 
  18. ^ Ravi; et al. (2019). "Pérdida de diversidad microbiana y dominio de patógenos en la microbiota intestinal en pacientes con enfermedades graves". Genómica microbiana . 5 (9). doi : 10.1099/mgen.0.000293 . PMC 6807385 . PMID  31526447. 
  19. ^ Ravi; et al. (2019). "Perfiles metagenómicos de garrapatas: identificación de nuevos genomas de rickettsias y detección del parvovirus canino transmitido por garrapatas". PLoS Negl Trop Dis . 13 (1): e0006805. doi : 10.1371/journal.pntd.0006805 . PMC 6347332 . PMID  30640905. 
  20. ^ "Infraestructura en la nube para bioinformática microbiana".
  21. ^ "El Consorcio MRC para la Bioinformática Microbiana Médica".
  22. ^ "CLIMB-BIG-DATA: Una infraestructura en la nube para la bioinformática microbiana de Big Data".
  23. ^ Connor; et al. (2016). "CLIMB (la infraestructura en la nube para la bioinformática microbiana): un recurso en línea para la comunidad de microbiología médica". Genómica microbiana . 2 (9): e000086. doi : 10.1099/mgen.0.000086 . PMC 5537631 . PMID  28785418. 
  24. ^ "CLIMB recibe distinciones en los premios de lectores y editores de HPCwire 2020". 16 de noviembre de 2020.
  25. ^ Pallen; et al. (2020). "El próximo millón de nombres para arqueas y bacterias". Trends Microbiol . 29 (4): 289–298. doi : 10.1016/j.tim.2020.10.009 . PMID  33288384.
  26. ^ "Los investigadores proponen automatizar la denominación de nuevos microbios".
  27. ^ Pallen (2021). "Nomenclatura bacteriana en la era de la genómica". Nuevos microbios y nuevas infecciones . 44 : 100942. doi : 10.1016/j.nmni.2021.100942 . PMC 8479249. PMID  34621526 . 
  28. ^ "BISMiS Live - Sesión inaugural 2022 con Mark Pallen". YouTube . 20 de febrero de 2022.
  29. ^ Pallen; et al. (2022). "Nombrar lo innombrado: más de 65 000 nombres de Candidatus para arqueas y bacterias innombradas en la base de datos de taxonomía del genoma" (PDF) . Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 72 (9): 005482. doi : 10.1099/ijsem.0.005482 . PMID  36125864.
  30. ^ "Código asignado: 2020.095 B".
  31. ^ "Los nombres de las variantes del coronavirus son demasiado confusos. Hay una solución mejor".
  32. ^ Konings; et al. (2022). "Esquema de denominación de variantes de interés y preocupación del SARS-CoV-2 propicio para el discurso global". Nature Microbiology . 6 (7): 821–823. doi : 10.1038/s41564-021-00932-w . hdl : 1887/3214303 . PMID  34108654.
  33. ^ Hitch; et al. (2022). "Una nota taxonómica sobre el género Prevotella: Descripción de cuatro géneros nuevos y descripción enmendada de los géneros Hallella y Xylanibacter". Microbiología Sistemática y Aplicada . 45 (6): 126354. Bibcode :2022SyApM..4526354H. doi : 10.1016/j.syapm.2022.126354 . PMID  36067550.
  34. ^ "Taxonomía del NCBI Palleniella".
  35. ^ "Género LPSN Palleniella".
  36. ^ Mark Pallen (2009). La guía básica de la evolución. Rough Guides Limited. ISBN 978-1858289465.
  37. ^ Mark J. Pallen y Nicholas J. Matzke (2006). "Del origen de las especies al origen de los flagelos bacterianos" (PDF) . Nature Reviews Microbiology . 4 (10): 784–790. doi :10.1038/nrmicro1493. PMID  16953248. S2CID  24057949.
  38. ^ "BBC Radio 4 - En nuestro tiempo, los orígenes de las enfermedades infecciosas". BBC .
  39. ^ Mark Pallen (2018). Los últimos días de la viruela: tragedia en Birmingham . Publicado de forma independiente. ISBN 978-1980455226.
  40. ^ "Consejo asesor del Centro Milner para la Evolución". www.bath.ac.uk .