Illumina, Inc. es una empresa biotecnológica estadounidense con sede en San Diego, California . Fundada el 1 de abril de 1998, Illumina desarrolla, fabrica y comercializa sistemas integrados para el análisis de la variación genética y la función biológica. La empresa ofrece una línea de productos y servicios que atiende a los mercados de secuenciación , genotipado y expresión genética , y proteómica , y presta servicios en más de 155 países. [2]
Los clientes de Illumina incluyen centros de investigación genómica, compañías farmacéuticas, instituciones académicas, organizaciones de investigación clínica y compañías de biotecnología. [1]
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Illumina fue fundada en abril de 1998 por David Walt, Larry Bock , John Stuelpnagel, Anthony Czarnik y Mark Chee. Mientras trabajaban con CW Group, una empresa de capital de riesgo, Bock y Stuelpnagel descubrieron lo que se convertiría en la tecnología BeadArray de Illumina [3] en la Universidad de Tufts y negociaron una licencia exclusiva para esa tecnología. En 1999, Illumina adquirió Spyder Instruments (fundada por Michal Lebl, Richard Houghten y Jutta Eichler) por su tecnología de síntesis de alto rendimiento de oligonucleótidos. Illumina completó su oferta pública inicial en julio de 2000. [4]
Illumina comenzó a ofrecer servicios de genotipado de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en 2001 y lanzó su primer sistema, Illumina BeadLab, en 2002, utilizando la tecnología de genotipado GoldenGate. Illumina ofrece actualmente productos y servicios basados en microarrays para una gama cada vez mayor de secuenciación de análisis genético, que incluye genotipado de SNP, expresión genética y análisis de proteínas . Las tecnologías de Illumina son utilizadas por una amplia gama de instituciones académicas, gubernamentales, farmacéuticas, biotecnológicas y otras instituciones líderes en todo el mundo.
El 26 de enero de 2007, la empresa completó la adquisición de la empresa británica Solexa, Inc. por ~$650 millones. [5] Solexa fue fundada en junio de 1998 por Shankar Balasubramanian y David Klenerman para desarrollar y comercializar tecnología de secuenciación del genoma inventada por los fundadores de la Universidad de Cambridge. Solexa, Inc. se formó en 2005 cuando Solexa Ltd se convirtió en Lynx Therapeutics de Hayward . [6] Illumina también utiliza la tecnología de secuenciación de colonias de ADN, inventada en 1997 por Pascal Mayer y Laurent Farinelli [7] y que fue adquirida por Solexa en 2004 de Manteia Predictive Medicine . Se está utilizando para realizar una variedad de análisis, incluida la resecuenciación del genoma completo, el análisis de la expresión genética y el análisis de ácido ribonucleico pequeño (sRNA).
En junio de 2009, Illumina anunció el lanzamiento de su propio Servicio Personal de Secuenciación del Genoma Completo a una profundidad de 30X. [8]
Hasta 2010, Illumina vendía únicamente instrumentos etiquetados como "solo para uso en investigación"; a principios de 2010, Illumina obtuvo la aprobación de la FDA para que su sistema BeadXpress se utilizara en pruebas clínicas. [9] [10] Esto era parte de la estrategia de la empresa en ese momento para abrir su propio laboratorio CLIA y comenzar a ofrecer pruebas genéticas clínicas por sí misma. [11]
Illumina adquirió Epicentre Biotechnologies, con sede en Madison, Wisconsin , el 11 de enero de 2011. [12] El 25 de enero de 2012, Hoffmann-La Roche realizó una oferta no solicitada para comprar Illumina por 44,50 dólares por acción o unos 5.700 millones de dólares. [13] [14] Roche intentó otras tácticas, incluyendo aumentar su oferta (a 51,00 dólares, por unos 6.800 millones de dólares). [15] Illumina rechazó la oferta, [16] y Roche abandonó la oferta en abril. [17]
En 2014, la empresa anunció un producto multimillonario, HiSeq X Ten. [18] [19] En enero de 2014, Illumina ya tenía el 70% del mercado de máquinas de secuenciación del genoma. [20] Las máquinas Illumina representaban más del 90% de todos los datos de ADN producidos. [21] En 2020, la empresa invirtió en la adquisición de la empresa precomercial Enancio, que había desarrollado un algoritmo de compresión de datos de ADN dirigido específicamente a los datos de Illumina capaz de reducir la huella de almacenamiento en un 80% (por ejemplo, 50 GB comprimidos a 10 GB). [22]
El 5 de julio de 2016, Jay Flatley, que había sido director ejecutivo desde 1999, asumió el papel de presidente ejecutivo de la junta directiva. Francis deSouza , que había sido presidente de la empresa desde 2013, asumió el papel adicional de director ejecutivo. [23]
A finales de 2015, Illumina escindió la empresa Grail , centrada en las pruebas de sangre para detectar tumores cancerosos en el torrente sanguíneo. En 2017, Grail había planeado recaudar 1.000 millones de dólares en su segunda ronda de financiación, y recibió financiación de Bill Gates y Jeff Bezos, que invirtieron 100 millones de dólares en una financiación de serie A , y con Illumina manteniendo una participación del 20% en Grail. [24] Grail está trabajando con un ensayo de análisis de sangre con más de 120.000 mujeres durante las visitas de mamografía programadas en los estados de Minnesota y Wisconsin , así como una asociación con la Clínica Mayo . Grail utiliza la tecnología de secuenciación de Illumina para las pruebas. [25] Grail planeó implementar las pruebas en 2019. [26] En septiembre de 2020, Illumina anunció una propuesta de acuerdo en efectivo y acciones para adquirir Grail por 8.000 millones de dólares. [27] [28]
En noviembre de 2018, Illumina propuso la adquisición de Pacific Biosciences por 8 dólares por acción, o alrededor de 1200 millones de dólares en total. [29] [30] En diciembre de 2019, la Comisión Federal de Comercio (FTC) presentó una demanda para bloquear la adquisición. [31] El acuerdo propuesto fue abandonado el 2 de enero de 2020, y Illumina pagó a Pacific una tarifa de rescisión de 98 millones de dólares. [32]
En marzo de 2021, la FTC presentó una demanda para bloquear la fusión vertical de 7.100 millones de dólares de Illumina con Grail. [33] [34] En julio de 2021, la Comisión Europea abrió una investigación en profundidad sobre la adquisición de Grail por parte de Illumina. [35] En contra de las órdenes de investigaciones activas tanto de la FTC de EE. UU. como de la Comisión Europea de la UE, Illumina anunció públicamente que había completado su adquisición de Grail el 18 de agosto de 2021. [36] La FTC instó a Illumina a "deshacer" la fusión poco después, [37] y en octubre de 2021, la Comisión Europea ordenó a Illumina que mantuviera a Grail como una empresa separada [38] y adoptó medidas provisionales para evitar daños a la competencia, o enfrentarse a pagos de multas de hasta el 5% de su facturación diaria media y/o multas de hasta el 10% de su facturación anual mundial en virtud de los artículos 15 y 14 del Reglamento de Fusiones de la UE respectivamente. [35] En septiembre de 2022, un juez administrativo estadounidense falló en contra de los esfuerzos de la FTC para evitar la adquisición por motivos antimonopolio. [39] En abril de 2023, la FTC ordenó que Illumina se deshiciera de Grail. [40] En julio de 2023, la Comisión Europea impuso una multa de 432 millones de euros (476 millones de dólares) a Illumina por cerrar la adquisición de Grail sin la aprobación de la UE. [41]
En septiembre de 2022, Illumina lanzó NovaSeq X y NovaSeq X Plus. [42] NovaSeq X Plus puede secuenciar 20.000 genomas al año, en comparación con los 7.500 al año de las máquinas anteriores de Illumina, y generar hasta 16 Tb de datos por ejecución. [42] La serie incluye reactivos, colorantes y polimerasas rediseñados que se pueden enviar a temperatura ambiente. [43]
En junio de 2023, deSouza renunció como director ejecutivo de Illumina y fue reemplazado por el director ejecutivo interino Charles Dadswell, asesor general de la empresa. [44] También en junio de 2023, el director ejecutivo de Hologic, Stephen Macmillan, fue nombrado presidente no ejecutivo de la junta directiva. [45]
En septiembre de 2023, el vicepresidente sénior de Agilent Technologies, Jacob Thaysen, fue nombrado director ejecutivo. [46]
En octubre de 2023, la Comisión Europea ordenó que Grail se deshiciera de Illumina en los próximos doce meses. [47] Illumina dijo que exploraría una venta a un tercero o una transacción en los mercados de capitales si no logra ganar su desafío en curso en los tribunales. [48]
A continuación se muestra una ilustración de las fusiones, adquisiciones, escisiones y predecesores históricos de la empresa:
Illumina vende una serie de sistemas de secuenciación de ADN de alto rendimiento, también conocidos como secuenciadores de ADN, basados en tecnología desarrollada por Solexa. La tecnología incluye amplificación de puente para generar grupos y terminadores reversibles para la determinación de secuencias. [49] [50] La tecnología detrás de estos sistemas de secuenciación implica la ligación de ADN fragmentado a un chip, seguida de la adición de cebadores y la incorporación y detección secuencial de dNTP fluorescentes .
Según la empresa, la serie MiSeq genera hasta 25 millones de lecturas por ejecución, según el kit utilizado. [51] Con celdas de flujo dual, el NextSeq 2000 genera hasta 2.4 mil millones de lecturas individuales por ejecución [52] y la serie NovaSeq X genera hasta 52 mil millones de lecturas individuales por ejecución. [53] Illumina utiliza secuenciación de próxima generación , que es mucho más rápida y eficiente que la secuenciación Sanger tradicional . [54] Los secuenciadores Illumina realizan secuenciación de lectura corta y están basados en imágenes, utilizando la secuenciación de tinte Illumina . [54] Esta tecnología tiene una mayor precisión que la secuenciación de lectura larga . [54]
La secuenciación de Illumina ocurre dentro de las celdas de flujo . Estas celdas de flujo son de tamaño pequeño y están alojadas en el compartimento de la celda de flujo. La agrupación de las celdas de flujo ocurre cuando se coloca una muestra de ADN desnaturalizado en una celda de flujo. Los cebadores que ya están en el canal de la celda de flujo capturan y se unen a los extremos de la muestra corta de ADN desnaturalizado. Luego, se agrega la ADN polimerasa y se introducen los bloques de construcción del ADN. Esto da como resultado una cadena recién sintetizada restringida al fondo de la celda de flujo. A continuación, la cadena de plantilla original se elimina uniendo la cadena recién sintetizada a la otra secuencia de ADN presente en la superficie. La ADN polimerasa y los bloques de construcción se introducen nuevamente formando una nueva cadena. Estos pasos se repiten hasta que se crean aproximadamente 1000 copias en un grupo. [54]
En 2005, el cofundador y exdirector científico Anthony Czarnik demandó a Illumina. En el caso, Czarnik v. Illumina Inc. , el tribunal de primera instancia aceptó la moción de Illumina de desestimar parcialmente la demanda, pero permitió que continuaran las reclamaciones de corrección de la autoría de Czarnik. [55]
En 2010, la Universidad de Cornell y Life Technologies presentaron una demanda contra Illumina, alegando que sus productos de microarrays infringían ocho patentes propiedad de la universidad y licenciadas exclusivamente a la start-up. El caso se resolvió en abril de 2017 sin ninguna constatación de culpa. En septiembre de 2017, ambas partes pidieron que se revisara el acuerdo, y Cornell acusó tanto a Illumina como a Life Technologies de tergiversación y fraude. [56] Cornell afirmó que ThermoFisher había prometido resolver la demanda con Illumina y pidió que se eliminara la redacción de Markman para poder presentar una demanda posterior que involucrara otras patentes inventadas en Cornell. En lugar de presentar la demanda, ThermoFisher e Illumina resolvieron otra demanda en California y sublicenciaron en secreto esas mismas patentes. En 2018, el Dr. Monib Zirvi presentó una demanda en el Distrito Sur de Nueva York contra Illumina y algunos de sus empleados clave alegando que incorporaron a sabiendas ideas y secuencias de ADN de ZipCode inventadas en el Laboratorio Barany en las solicitudes de patente de Illumina. Aunque esta demanda fue desestimada, fue solo después de que Illumina y sus abogados afirmaran que algunas de esas apropiaciones indebidas de propiedad intelectual eran "advertencias de tormenta" y, por lo tanto, los plazos de prescripción habían expirado para esas reclamaciones en particular. El Dr. Monib Zirvi también presentó un caso de FOIA en Nueva Jersey en 2020 por copias sin censurar de subvenciones clave de los NIH que Illumina presentó al principio de su existencia. William Noon, un abogado interno de Illumina, también había presentado una solicitud de FOIA para 4 de estas subvenciones clave en enero de 2015.
Illumina fue parte en una demanda de patentes contra su competidor Ariosa Diagnostics. El litigio comenzó en 2012 con la presentación de una demanda por parte de Verinata Health contra Ariosa. Illumina se unió a la demanda después de adquirir Verinata en 2013. Posteriormente, Ariosa presentó una contrademanda contra Illumina. [57] El tribunal de primera instancia concedió sentencia sumaria a favor de Ariosa, pero el Tribunal de Apelaciones de los Estados Unidos para el Circuito Federal revocó la sentencia. [58] Ariosa inicialmente presentó una apelación ante la Corte Suprema de los Estados Unidos , pero las dos partes resolvieron la disputa antes de que la Corte decidiera si aceptar el caso. [59]
En febrero de 2016, Illumina presentó una demanda contra Oxford Nanopore Technologies . Illumina afirmó que Oxford Nanopore había infringido sus patentes sobre el uso de un nanoporo biológico, Mycobacterium smegmatis porinA (MspA), para sistemas de secuenciación. [60] [61] En agosto de 2016, las partes llegaron a un acuerdo en su demanda. [62]
En febrero de 2020, Illumina presentó una demanda por infracción de patentes contra BGI en relación con sus productos de secuenciación "CoolMPS". [63] A cambio, BGI ha presentado demandas por infracción de patentes por violación de las leyes federales antimonopolio y de competencia desleal de California , alegando el uso de "comportamiento fraudulento" para obtener o hacer cumplir las patentes de secuenciación que ha reivindicado contra BGI, impidiendo que la empresa entre en el mercado estadounidense. [64] Sin embargo, en mayo de 2022, se ordenó a Illumina pagar 333 millones de dólares a una unidad estadounidense de BGI en California por infringir dos patentes de sistemas de secuenciación de ADN. El jurado del caso también dijo que Illumina infringió deliberadamente las patentes y que su anterior acusación de infracción por parte de BGI no era válida. [65]
El 6 de mayo de 2022, un jurado del Tribunal de Distrito de los EE. UU. para el Distrito de Delaware dictó un veredicto en el que se afirmaba que Illumina había infringido deliberadamente dos patentes propiedad de Complete Genomics y otorgó aproximadamente 334 millones de dólares a CGI en concepto de daños pasados. El jurado también invalidó tres patentes propiedad de Illumina. [66]
En marzo de 2022, Illumina demandó a Helmy Eltoukhy y Amir Talasaz, los cofundadores de Guardant , por robar secretos comerciales. [67] Guardant calificó la demanda de "frívola y retaliativa" y la enmarcó como una respuesta a sus preocupaciones sobre la fusión Illumina-Grail. [67] Guardant también afirmó que la demanda se presentó para suprimir la competencia en el mercado. [68]
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