Fue el paleontólogo que más especies de dinosaurios designó en toda Europa durante la primera mitad del siglo XX.
Fue catedrático de paleontología en la universidad de Tubinga (1901-56) y profesor de la misma disciplina hasta 1965.
Junto a Robert Broon, realizó un estudio detallado sobre la fauna fósil del triásico de Karoo (Sudáfrica)en 1905 y él mismo realizó estudios sobre el triásico de Turingia (1908) y el río Nucker (1921-24) y el cretácico de la Patagonia (1919).
Entre los dinosaurios y fósiles descritos por Huene se encuentran Halticosaurus (1908), Saltopus (1910) y Altispinax (1922), todos ellos del grupo de los Terópodos.
La abreviatura Huene se emplea para indicar a Friedrich von Huene como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.