Conferencia Oeste 
Conferencia EsteLa temporada 2006 de la Major League Soccer fue la undécima temporada de la Major League Soccer . También fue la 94.ª temporada de fútbol sancionado por la FIFA en los Estados Unidos y la 28.ª con una liga nacional de primera división.
Los MetroStars fueron comprados por la empresa austriaca Red Bull y rebautizados como New York Red Bulls .
Debido a que el propietario AEG no pudo conseguir un estadio específico de fútbol en San José , los Earthquakes cesaron sus operaciones y su personal fue transferido al estadio de expansión Houston Dynamo .
En junio, el Chicago Fire se mudó a su nuevo estadio específico de fútbol , Toyota Park , en Bridgeview, Illinois .
La temporada regular comenzó el 1 de abril y concluyó el 15 de octubre. Los playoffs de la Copa MLS 2006 comenzaron el 21 de octubre y concluyeron con la Copa MLS 2006 el 12 de noviembre. Houston marcó su temporada inaugural con un campeonato de liga al derrotar al New England Revolution en penales en la Copa MLS.
La temporada comenzó el 1 de abril y concluyó con la Copa MLS el 12 de noviembre. Los 12 equipos se dividieron equitativamente en dos conferencias. Cada equipo jugó 32 partidos, que se dividieron equitativamente entre partidos de local y de visitante. Cada equipo jugó contra todos los demás equipos de su conferencia cuatro veces y contra todos los equipos de la conferencia opuesta dos veces.
Los cuatro mejores equipos de cada conferencia clasificaron a los Playoffs de la Copa MLS . En la primera ronda, los goles totales en dos partidos determinaron a los ganadores. Las finales de conferencia se jugaron a partido único y los ganadores avanzaron a la Copa MLS . En todas las rondas, los empates se desempataron con dos períodos de 15 minutos de tiempo extra, seguidos de tiros penales si era necesario. La regla de los goles de visitante no se utilizó en ninguna ronda.
El equipo con más puntos en la temporada regular recibió el Supporters' Shield de la MLS y se clasificó para la Copa de Campeones de la CONCACAF . Además, el ganador de la Copa MLS también se clasificó para la Copa de Campeones de la CONCACAF. Si un equipo se clasificó para múltiples cupos en la Copa de Campeones, entonces se otorgaron cupos adicionales al equipo de la MLS con mejor resultado general que no se haya clasificado. La clasificación para la SuperLiga inaugural también se otorgó al campeón de la Copa MLS y al ganador del Supporters' Shield, así como a dos equipos invitados, FC Dallas y LA Galaxy .
Los tres primeros clasificados de cada conferencia obtuvieron la clasificación automática para la US Open Cup . El resto de los equipos de la MLS con sede en Estados Unidos tuvieron que clasificarse para las dos plazas restantes mediante una serie de partidos de play-in.
DC United avanza 2-1 en el global.
New England Revolution avanza 4-2 en los penales (2-2 global después del tiempo extra ).
Colorado Rapids avanza 5-4 en penales (4-4 global después del tiempo extra ).
El Houston Dynamo avanza 3-2 en el global.
New England Revolution avanza 1-0 en eliminación simple.
Houston Dynamo avanza 3-1 en eliminación simple.
