El xileno cianol se puede utilizar como marcador de color electroforético o colorante de rastreo para monitorear el proceso de electroforesis en gel de agarosa y electroforesis en gel de poliacrilamida . El azul de bromofenol y el naranja G también se pueden utilizar para este propósito.
Una vez mezclado con la muestra, la concentración de xileno cianol suele ser de alrededor del 0,005% al 0,03%.
En geles de agarosa al 1%, el xileno cianol migra aproximadamente a la misma velocidad que un fragmento de ADN de 4 a 5 pares de bases kilométricas, [1] aunque esto depende del tampón utilizado. El xileno cianol en un gel de poliacrilamida al 6% migra a la velocidad de un fragmento de ADN de 140 pares de bases. En la electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) desnaturalizante al 20% (urea 7 M), el xileno cianol migra aproximadamente a la velocidad de un oligonucleótido de 25 bases.