Banco mundial de datos de proteínas

Organización que mantiene el Banco de Datos de Proteínas de acceso abierto a nivel mundial

El Banco Mundial de Datos de Proteínas ( wwPDB ) es una organización que mantiene el archivo de la estructura macromolecular . Su misión es mantener un único archivo de datos estructurales macromoleculares que esté disponible de forma gratuita y pública para la comunidad global. ^{[1] [2]}

La organización tiene cinco miembros: ^[3]

• Base de datos de proteínas del colaboratorio de investigación para bioinformática estructural (RCSB PDB)
• Banco de datos de proteínas en Europa (PDBe)
• Banco de datos de proteínas de Japón (PDBj)
• Banco de datos de resonancia magnética biológica (BMRB)
• Banco de datos de microscopía electrónica (EMDB).

La wwPDB fue fundada en 2003 por RCSB PDB (EE. UU.), PDBe (Europa) y PDBj (Japón). En 2006, BMRB (EE. UU.) se unió a la wwPDB. EMDB (Reino Unido) se unió en 2021.

Cada sitio de un miembro puede aceptar datos estructurales y procesarlos. Los datos procesados ​​se envían al "guardián del archivo". El RCSB PDB actúa actualmente como "guardián del archivo". Esto garantiza que sólo exista una versión de los datos que sea idéntica para todos los usuarios. La base de datos modificada se pone a disposición de los demás miembros de wwPDB, cada uno de los cuales pone a disposición del público los archivos de estructura resultantes a través de sus sitios web. (Se accede a los datos desde el propio sitio web de wwPDB sólo a través de enlaces a los sitios web de los miembros). Los sitios de los miembros son más que simples espejos del guardián del archivo, porque los miembros ofrecen diferentes herramientas en sus sitios web para analizar las estructuras de la base de datos.

Logros ^[4]

• 2008 La wwPDB ahora requiere que, además de las coordenadas atómicas, se depositen las amplitudes e intensidades del factor de estructura (para deposiciones de estructura cristalina) y las restricciones de RMN (para deposiciones de estructura de RMN) como requisito previo para recibir una identificación PDB.
• 2007 Se implementó un PDB corregido. La corrección incluyó el cambio de la nomenclatura para cumplir con los estándares de la IUPAC. ^[5]

Referencias

1. Banco Mundial de Datos de Proteínas. URL: http://www.wwpdb.org. Consultado el 22 de abril de 2009.
2. Berman H, Henrick K, Nakamura H (diciembre de 2003). "Anuncio del banco mundial de datos de proteínas". Nat. Struct. Biol . 10 (12): 980. doi : 10.1038/nsb1203-980 . PMID  14634627.
3. "Carta del wwPDB: miembros plenos y asociados | Banco de datos de proteínas en Europa". www.ebi.ac.uk . Consultado el 24 de enero de 2023 .
4. Informes anuales de la wwPDB
5. H., Berman; et al. (enero de 2008). "Remediación del archivo del banco de datos de proteínas". Nucleic Acids Res . 36 (número de la base de datos): D426–D433. doi :10.1093/nar/gkm937. PMC 2238854 . PMID  18073189. 

Enlaces externos

• Sitio web oficial
• Organizaciones miembros
  • Banco de datos de proteínas del RCSB PDB, colaborador de investigación para bioinformática estructural (EE. UU.)
  • PDBe, banco de datos de proteínas en Europa
  • PDBj, Banco de datos de proteínas de Japón
  • BMRB, Banco de datos de resonancia magnética biológica (EE.UU.)
  • Banco de datos de microscopía electrónica