Los colores que identificaron al club son los mismos de la bandera del estado Zulia: el azul predominante y el negro.Tras varios años de lucha y arduo trabajo, el Zulia se tituló campeón en la Segunda División B en la temporada 2006-07, logrando el ascenso a Segunda División, donde también se coronaría campeón absoluto en la temporada siguiente, la 2007-08, logrando así su promoción a la máxima categoría del balompié nacional.Una semana más tarde, el 17 de agosto, Zulia alcanzó su primer triunfo en la máxima categoría, nada más y nada menos que ante el multicampeón Caracas Fútbol Club, en calidad de visitante, al batirlo con un contundente 0-2.En su siguiente campaña en Primera División, el cuadro negriazul se convirtió en el único representante del estado Zulia en la máxima categoría.En la primera ronda del clasificatorio al torneo internacional, Zulia cayó en el partido de ida por 5-0 contra el Deportivo Táchira.En el partido de vuelta, los petroleros vencieron por 3-0 pero el marcador no bastó para evitar la eliminación a manos del cuadro aurinegro.Luego del Torneo Apertura más decepcionante de la historia del club, en 2014, al finalizar 17.º con tan solo 11 unidades, una nueva directiva, encabezada por el otrora seleccionador vinotinto César Farías como Presidente y el exitoso dirigente deportivo Domingo Cirigliano Martínez como Vicepresidente, adquirieron la mayoría accionaria del club y se le dio paso a "El Nuevo Zulia", que debutó en 2015 con empate de visitante 0-0 ante Deportivo Petare y una victoria 1-0 ante Atlético Venezuela en el Pachencho Romero, ante más de 10.000 espectadores, marcando un antes y un después en la existencia del conjunto petrolero.Luego empieza una seguidilla de derrotas y empates ante Trujillanos FC, Atlético Venezuela, etc.El 1 de mayo se jugaba un partido muy importante para el Zulia, se enfrentaba al Deportivo Lara por la Jornada 18, el partido empezaba mal para los petroleros, un gol de Gómez del Lara al minuto 9 dictaba remontada, en el minuto 27 el goleador del negriazul, Jesús González, ponía en tablas el encuentro.Todo apuntaba a la eliminación, hasta que el recién ingresado Albert Zambrano anotara el gol salvador al minuto 88'.La primera victoria de Daniel Farías con el Zulia FC llegaría el partido siguiente donde ganarían 0-2 al Deportivo Anzoátegui.Su estreno en el banquillo zuliano no fue muy bueno al caer en el Olímpico de la UCV contra Caracas 2-1.Desde la llegada de "Carlitos" el Zulia FC mejoró su rendimiento y actitud en los partidos, pero eso no alcanzó, ya que las bajas por fecha FIFA y tener que utilizar juveniles afectaban los resultados, el Zulia logró una victoria 0-1 al Deportivo Táchira donde sacaba a su rival del octogonal donde tampoco iba a poder clasificar.Doblemente internacional en anteriores experiencias, con Zamora (Libertadores y Sudamericana) y Deportivo Táchira (segunda fase de Copa Libertadores), Stifano llega a Maracaibo con un equipaje cargado de entusiasmo y con un plan bien determinado, manejando gran intensidad en su fútbol, tanto para quitar la pelota presionando como para atacar con el acelerador pisado a fondo, lo cual, fue beneficioso para el grupo, en ese momento conformado por jugadores como Frank Feltscher, Josmar Zambrano, Brayan Palmezano, Dany Cure, entre otros, con los que pudo trabajar mediante automatismos para atacar más y con mayor eficiencia.Brayan Moya tuvo en el equipo una actuación brillante, al igual que Leo Morales, por lo cual, fueron incluidos en el 11 ideal de la Copa Sudamericana 2019 por la empresa Opta Sports.Asimismo, en octubre de 2019, por "mutuo acuerdo", Stifano abandona las filas del equipo petrolero dejando números importantes para el club.Actualmente, el equipo Élite del Zulia entrena a diario en la refaccionada sede deportiva de la institución, contando con una cancha, cuyo césped se acerca cada vez más al primer nivel.El primer equipo empezó a utilizar su cancha alterna en la temporada 2021 de la Liga FUTVE, debido al mal estado del Estadio José Encarnación Romero, que no pudo ser remozado por cuestiones relacionadas con la pandemia de COVID-19 y otros motivos.
