La serie se desarrolla varias décadas después del manga original que protagoniza Yugi Muto.

Durante este tiempo conoce a una mujer misteriosa llamada Aki Izayoi (Akiza Izinski en la versión internacional), quien es conocida en como "La Bruja de la Rosa Negra", debido a que puede causar daño real al adversario durante los combates.

Allí se celebra un duelo en el que aparece Jack Atlas y simultáneamente muestran a Yusei recorriendo Satélite en su D-Wheel.

Durante la única hora que se abrían para limpiarlas en el mes, Yusei la atraviesa con la D-Wheel siendo interceptado por Ushio nuevamente.

Jack guía a Yusei al estadio donde lucharán y comienza un duro duelo entre ellos donde llegará un momento de tanta adrenalina que se inicia entre ambos una verdadera tormenta y los ojos de ambos se enrojecen.

Lentamente Yusei se hace amigo de Yasagi y le cuenta lo que sucedió en el estadio.

Yasagi le dice que conoce la leyenda del "Dragón Escarlata" pero no esperaba verlo nunca.

Himuro lo desprecia y lo derrota, pues al parecer, Yasagi no tiene el Deck para luchar sino porque le encantan esas cartas.

Justo cuando el compañero de Yusei estaba a punto de fugarse, recordó lo que Yusei le había dicho anteriormente y decidió volver y ayudar a Yusei causando un cortocircuito para que el carcelero también recibiera daños por su Disco de Duelos y que no pudiera escapar del duelo.

Yasagi y Himuro le prometen que en cuanto sean libres irán a reunirse con él.

Yusei busca a Saiga en una cantina llamada Bootleg, donde le muestra al cantinero la carta que Himuro le dio y tras beber un trago de leche (originalmente en el manga lo que bebe es un whiskey) logra hallar a Saiga tras haber sido atacado por los miembros de Seguridad.

Tras un Riding Duel dentro del almacén, se aparecen en su camino guardias de seguridad y antes de que la D-Wheel perdiera el control por los choques, llega Saiga en su D-Wheel y le despeja el camino a Yusei diciendo que aunque aún no cree en la palabra amigo, tiene curiosidad de ver a dónde lleva a Yusei esa idea.

Yusei escapa pero casi inconsciente y su D-Wheel choca contra un edificio en la zona alta de la ciudad conocida como "La Cumbre".

Ruka le contesta que sus padres siempre viajan por negocios y nunca están en la casa.

Rua, al ver que Yusei tenía un Deck y su propio Disco de Duelo, reta a Yusei a un duelo ya que estaba aburrido de jugar siempre con su hermana Ruka.

Yusei acepta después de que Rua insistoese mucho y luchan en el patio.

Así, tras un duelo en el cual Rua muestra un Deck Morfotrónico (máquinas cotidianas que se transforman) Yusei lo derrota aprovechando el error de que Rua se basaba en una combimación de cartas.

Mientras Saiga partía rumbo a Satélite, Yusei empezaba su participación en la Copa donde Rua también competiría en lugar de su hermana, Ruka.

Frank en un duelo donde Divine, su mentor y líder de la Secta Arcadia, obliga a usar sus poderes psíquicos para ganar.

Yusei enfrenta a Jack Atlas en la final de la Copa Fortuna teniendo un duelo largo y emocionante.

También aparece Kiryu, solo que del lado de los signos oscuros, y derrota a Yusei con el monstruo Inmortal Terrestre Ccapac Apu.

Al mismo tiempo, otro signo oscuro, Misty, reta a Aki y usa a Inmortal Terrestre Ccarayhua, solo que como estaban peleando en la sede del Movimiento Arcadia, el mismo lugar donde estaba Carly, el edificio es destruido y el duelo se pospone, no sin antes jurar Misty que vengaría la desaparición de su hermano por culpa de Aki.

Luego aparece Bommer con la marca de la ballena, pero descubre que los signos oscuros se llevaron a su familia, y no Rex Goodwin.

Lo extraño es el regreso de Divine, quien revela que él mató al hermano de Misty, y ella entonces usa a su Inmortal Terrestre para asesinarlo (aunque al perder Misty, no se sabe si Divine regresará).

Goodwin Invoca al inmortal terrestre Wiraqocha Rasca que elimina a Jack y Crow.

Yusei da una charla sobre la amistad e Invoca al Dragón Estelar Majestuoso que destruye a Wiraqocha Rasca.

Hasta el momento solo existen dos monstruos Accel Synchro (Dragón de la Estrella Fugaz y T.G.

Esta técnica es exclusiva del anime, ya que en realidad es solo una Invocación de Sincronía.

Los únicos monstruos con esta peculiaridad son Dragon de Nova Roja y Vylon Omega.

Los únicos monstruos conocidos Invocados por esta técnica son "Dragón del Quásar Fugaz" y "T.G.