En su primera temporada, marcó 17 goles en 49 apariciones en todas las competiciones, anotando 14 goles en 33 apariciones en la Serie A; Con sus excelentes actuaciones, ayudó al club a conseguir el tercer puesto en la Serie A y también alcanzó la final de la Copa de la UEFA, en la que el Inter fue derrotado por el Schalke en los penaltis tras un empate global 1-1, aunque Djorkaeff pudo anotar su penalti.

Su siguiente temporada fue menos exitosa individualmente, ya que luchó por jugar bien junto al nuevo fichaje del club, Ronaldo, aunque colectivamente el Inter terminó la temporada en segundo lugar en la Serie A y ganó la Copa de la UEFA, derrotando a la Lazio.

Djorkaeff llamó la atención cuando fichó por el club inglés Bolton Wanderers en 2002, pero añadió mucha clase al equipo durante sus tres temporadas allí, lo que dio lugar a la creación de un "equipo de ensueño" internacional junto al complicado nigeriano Jay-Jay Okocha.

Luego se trasladó al Blackburn Rovers, pero abandonó el club después de jugar sólo tres partidos.

Anunció desde el principio que colgaría las botas al final de la temporada 2006 y jugó para los New York Red Bulls renombrados.