En el 2012 con Avintia Racing se convirtió en el primer colombiano que participó en la categoría reina del motociclismo.

Yonny Hernández empezó en el motociclismo siendo niño cuando su padre le regaló una motocicleta Yamaha PW, en la cual se dio sus primeros pinitos como piloto.

Su mejor resultado esa temporada fue en el Grand Prix de Indianápolis, quedando noveno y ganado en la clase CRT.

Para la temporada 2013 cambió de equipo, pasando al Paul Bird Motorsport, con una moto Aprilia en la clase CRT, como compañero de equipo tenía al irlandés Michael Laverty, el cual llevaba una moto con chasis PBM y motor Aprilia.

Yonny Hernández, con el equipo Octo Pramac Racing, sumó 47 puntos en la temporada 2015 y su mejor resultado fue el octavo puesto, logrado en el Gran Premio de Francia.