Más tarde se doctoró en Filosofía en la Universidad de Santo Tomás de Roma (1972) y se especializó en Filología Bíblica en el Instituto Bíblico (Roma).

[1]​ En 1972 comienza a dar clases en la Facultad de Teología en la UPSA, pasando a ser catedrático de dicho centro en 1975.

En 1985, la Congregación Vaticana para Seminarios y Universidades y la Congregación para la Doctrina de la Fe le niegan el nihil obstat por sus ideas sobre temas de teología dogmática, por lo que no puede enseñar en universidades de la Iglesia.

Retomó su trabajo como catedrático en la UPSA hasta que fue cesado de nuevo por problemas doctrinales en 2003.

Durante este tiempo abandona la orden mercedaria y el sacerdocio, contrayendo matrimonio con María Isabel Pérez Chaves.