Este registro de especies marinas surgió del Registro Europeo de Especies Marinas, SGDEA (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última)., y su combinación con otras especies de registros que mantiene el Instituto Marino de Flandes, VLIZ (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última)..
En lugar de crear registros separados para todos los proyectos, y para asegurarse que la taxonomía utilizada en los diferentes proyectos es consistente, VLIZ desarrolló una base de datos unificada llamada "Aphia".
Mantener al día la base de datos es una tarea ingente, no solo por la cantidad de información, sino porque, constantemente nuevas especies son descubiertas y descritas, o reclasificadas, debido a análisis filogenéticos.
El contenido del registro es editado y mantenido por científicos especialistas en cada grupo de organismos.
Estos taxonomistas elaboran la información, que es reunida desde varias bases de datos regionales o específicas por taxón.