[2]​ Para el Torneo Clausura 2012 es fichado a préstamo al Club León que participaba entonces en la Liga de Ascenso.

William se volvió jugador clave en el torneo Apertura 2013, donde fue elegido Jugador del Partido en la final de vuelta ante América, donde saco varios balones con peligro, siendo un tiro libre de Miguél Layún el más notable.

Ya con el sexto título, el León calificó a la Copa Bridgestone Libertadores junto al Santos Laguna.

William es una de las figuras en quien más fe se tiene para dicha liga, junto con Carlos Peña, Luis Montes, Rafael Márquez y Mauro Boselli.

En este torneo la defensa tuvo una mala actuación, por lo que la afición culpó al cancerbero de haber permitido goles que de hecho, la defensa debió haber cubierto.

El León ganó la final contra su hermano, el Pachuca, siendo el partido de vuelta uno extraordinario para el cancerbero.

[6]​[7]​ Hizo su debut con los norteamericanos ingresando en el segundo tiempo en uno de esos partidos; el encuentro fue disputado ante Suiza y terminaría empatado 1-1.