Mientras estudiaba en la Universidad de París se hizo alumno del erudito humanista y reformador moderado católico Jacques Lefèvre d'Étaples.Hacia el año 1520, Guillaume Farel ya había adoptado las ideas protestantes, y en 1523 fue expulsado de Francia por difundirlas.En 1532 se trasladó a Ginebra, donde su predicación y debates públicos ayudaron al triunfo del protestantismo, que el ayuntamiento de la ciudad adoptaría de manera formal en 1535.En 1536 Guillaume Farel persuadió al teólogo y reformador francés Juan Calvino para que le ayudara en la difusión de la Reforma y en la normalización de las prácticas eclesiásticas.Hubo resistencia contra sus severas medidas iniciales y los dos reformadores tuvieron que abandonar Ginebra en 1538.
