[3][4] Ndidi fue convocado para representar a su país en el Campeonato Africano Sub-17 de 2013, sin embargo antes del torneo fue sometido a una tomografía por resonancia magnética por orden de la CAF con el propósito de comprobar si el jugador tenía la edad que afirmaba tener.
Las dudas creadas tras la prueba forzaron al combinado nigeriano a prescindir del jugador para el torneo.
[6] Internacional con Nigeria, debutó el 8 de octubre de 2015 frente a Congo Democrático, disputando los últimos minutos del encuentro que finalizó con derrota por 0-2.
En la temporada 2016-17, tras su traspaso al fútbol inglés, se consolidó como titular en el combinado nacional.
Ante una nueva cita mundialista, a celebrarse en Catar en 2022, Nigeria quedó encuadrada en el Grupo "C" de clasificación junto a Cabo Verde, Liberia y Centroáfrica.