En esta última fue donde comenzó con su carrera como entrenador principal, donde llegó a obtener el tercer puesto del Sudamericano 2015.

Debutó en el partido inaugural, ante Países Bajos, que sería derrotado por Argentina por 1 a 0.

Finalmente, la selección sub-20 saldría campeona del Mundial por segunda vez en su historia, siendo Coyette titular en todos los partidos y contribuyendo en dos ocasiones con goles.

En la fecha 18, se decretó el descenso del Calamar a la Primera B Nacional tras caer como local 0-3 ante River Plate.

Ya en su última etapa en el club, convirtió 1 gol (a Gimnasia y Esgrima La Plata).

Contabilizando todas sus etapas, Coyette jugó 121 partidos y convirtió 9 goles en Lanús.

En 2002, Coyette se convirtió en jugador de Argentinos Juniors, equipo que militaba en la Primera B Nacional.

Allí convirtió 2 goles en 14 partidos, y el equipo terminó sexto durante sus 6 meses de estadía.

Su buen nivel en Huracán logró que Quilmes, equipo de la Primera División, se haciera con sus servicios en 2006.

Tras el retiro, Coyette conformó el cuerpo técnico de Diego Cocca, siendo su ayudante de campo, durante la llegada del director técnico a Gimnasia y Esgrima La Plata, Santos Laguna y Huracán.

[10]​ Debutaría en un equipo profesional en 2016, cuando fue contratado por Chacarita Juniors tras el despido de Fernando Gamboa.

[12]​ Terminó el campeonato en segunda posición con 43 puntos, a seis unidades del campeón invicto, Talleres de Córdoba.

Tras once encuentros dirigidos, Coyette renunció a su cargo al conseguir apenas 6 puntos de 33 posibles.

[17]​ El equipo terminaría con 2 victorias, 3 empates y 3 derrotas al cargo de Walter Coyette.

Solo dirigió cinco encuentros, de los cuales ganó 2, empató uno y perdió los dos restantes.

Sería derrota del equipo marplatense por 3-2 y no logró clasificar a la Copa Argentina.

[24]​ Para la temporada 2022, Alvarado se reforzó con Gonzalo Lamardo, Nazareno Solís y Jorge Ramos, entre otros.

El ciclo Coyette culminó tras la goleada propinada por Chacarita Juniors, que ganó por 5 a 0.

Sin embargo, tras cuatro partidos sin ganar (2 empates y 2 derrotas), sumado a la decisión de no tener en cuenta a Damián Akerman, ídolo de la institución, lograron que el entrenador renuncie en su cargo.

[32]​ Al igual que su asunción en Deportivo Morón, solo un mes debió esperar el técnico para ser nuevamente contratado.