Stocker comenzó su carrera con SC Kriens, jugando allí entre 1996 y diciembre de 2005.

En enero de 2006 fue transferido al F. C. Basilea y jugó para el equipo Sub-21 en la Swiss 1.

Eso hizo que equipos como, Atlético de Madrid, Aston Villa, Liverpool FC, AS Roma y Tottenham Hotspur se interesaran en él.

Reapareció en febrero frente al BSC Young Boys marcando un gol, esto le sirvió para llevarse el premio de jugador del partido.

En marzo de 2014, se rumoreó que Stocker tenía decidido fichar por el Borussia Mönchengladbach en verano, pese a recibir una oferta del Crystal Palace.