La Universidad de Tokio de la Marina Mercantil fue fundada en noviembre del año 1875 por Iwasaki Yatarō, como la Escuela Náutica Mitsubishi (三菱商船学校, Mitsubishi shōsen gakkō?).
En 1925 la escuela se transformó en el Colegio Náutico de Tokio (東京高等商船学校, Tōkyō kōtō shōsen gakkō).
En 1949, el colegio fue convertido en la Universidad de la Marina Mercantil bajo el nuevo sistema educativo japonés.
Se convirtió en una escuela nacional el 1897 y fue renombrada como Instituto Imperial de Pesca (水産講習所, Suisan Kōshūjo?).
En 1957, la universidad se movió al actual Campus Shinagawa, en Minato (Tokio).