Considerada una de las universidades líderes en Brasil, la UFSC es la novena mejor universidad de América Latina en el ranking de Times Higher Education; la 22 para el QS World University Rankings, y clasificada como la décima mejor institución de educación superior en América Latina por el Webometrics Ranking of World Universities.
Inicialmente organizada como un instituto libre, fue oficializada por decreto estatal en 1935.
A partir de la primera facultad nació la idea de crear una universidad que reuniera todas las facultades existentes en Florianópolis, capital del estado.
Joao David Ferreira Lima, conforme a la ley 3.849, que reunía las facultades de derecho, medicina, farmacia, odontología, filosofía, ciencias económicas, servicio social y la escuela de ingeniería industrial, siendo instalada oficialmente el 12 de marzo de 1962.
Con la reforma universitaria promulgada en el decreto 64.824 del 15 de julio de 1969 se eliminaron las facultades, y la universidad adquirió su actual estructura educativa y administrativa.